Подобное сочетание киновии и лавры позднее утвердилось также в монастырях Каламон и Хозива. Монашество Иудейской пустыни, скорее всего, по мнению исследователей, было вовлечено в восстание 451–453 гг. против постановлений Халкидонского собора и деятельности Иувеналия Иерусалимского. Тем не менее, исследователи предполагают, что большинство наиболее активных участников движения составили монахи из обителей Иерусалима и его окрестностей; об участии в восстании монахов Иудейской пустыни прямых сведений у исследователей нет. Преподобный Евфимий Великий стремился уклониться от настойчивых просьб присоединиться к осуждению Халкидона и вскоре после начала беспорядков удалился на некоторое время из лавры в пустыню Рува. Исследователи полагают, что отказ преподобного Евфимия поддержать движение способствовал тому, что многие монахи Иудейской пустыни также стали противниками восстания и после возвращения святителя Иувеналия на престол присоединились к нему. О подобном влиянии преподобного Евфимия упоминается в Житии преподобного Герасима Иорданского, который, в то время ещё будучи молодым, склонялся на сторону монофизитов, но преподобный Евфимий убедил его в необходимости следовать православию. Таким образом, сдержанная позиция значительного числа монахов повлияла на развитие отношений монастырей Иудейской пустыни и Иерусалимской патриархии. Со второй половины V в. иерархи ИПЦ проявляют более заметный интерес к развитию монастырей Иудейской пустыни. После восстания 451–453 гг. в ИПЦ раскол между сторонниками Халкидона и монофизитами продолжался несколько десятилетий. Последствия восстания были преодолены в конце 470 гг., когда Иерусалимский патриарх Мартирий заключил с насельниками монастырей соглашение о восстановлении церковного общения на основе признания Халкидонского вероопределения. Вскоре после этого с Елеонской горы и из башни Евдокии на горе Эль-Мунтар были изгнаны последние монофизиты. Со времени становления лавры преподобного Евфимия монашество Иудейской пустыни занимает всё более значительное положение в ИПЦ. Если в конце IV – первой половине V вв. в среде палестинского монашества ещё преобладали городские общины, сложившиеся преимущественно в Иерусалиме, Вифлееме и ближайших окрестностях, то в последующий период, особенно с конца V в., ведущая роль в истории палестинских анахоретов переходит к региону Иудейской пустыни. Ко времени кончины преподобного Евфимия (473 г.) в Иудейской пустыне по письменным источникам исследователям известны 15 монастырей, большинство которых были основаны преподобными Евфимием и Феоктистом. В конце V – начале VI вв. особую известность в Иудейской пустыне приобрели преподобные Савва Освященный (438/439 – 532 гг.) и Феодосий Великий (Киновиарх; около 424 – 529 гг.).