Со второй половины VIII в. христианские общины Сирии и Палестины вступили в полосу кризиса, который характеризовался прекращением храмового строительства, оставлением многих селений, утратой знаний греческого языка и падением литературной активности, изменениями в социальном укладе и мироощущении людей. Эти кризисные явления были усугублены сначала политической нестабильностью в халифате, а затем гражданской войной сыновей халифа Харуна ар-Рашида в 811–813 гг. Монастыри Иудейской пустыни стали объектами нападений и грабежей и пострадали очень сильно. В 796 г. в ходе междоусобной войны арабских племён в Палестине группа мятежных бедуинов захватила лавру преподобного Саввы Освященного; вымогая у иноков монастырские ценности, бедуины убили двадцать монахов (Савваитские преподобномученики). Их мученическая смерть была описана монахом лавры Стефаном Савваитом Младшим (это сочинение стало одной из вершин ближневосточной агиографической литературы). Тогда же разбойники овладели монастырем преподобного Харитона и разграбили его. В 809 г. смуты в Палестине возобновились, снова были разорены монастыри преподобных Саввы, Харитона и Евфимия; разбойники сожгли монастырь преподобного Феодосия и убили многих иноков. В 809 и 813 гг. отмечен массовый исход христианского населения из Палестины в византийские земли; в этом потоке беженцев Иудейскую пустыню покинуло немалое число монахов. Политические потрясения и многократные разорения монастырей в начале IX в. повергли монашество Иудейской пустыни в глубокий кризис. Оскудевает литературное творчество, резко сужается круг источников, позволяющих исследователям судить о положении монастырей. Ж. Насралла назвал следующие 300 лет истории палестинского монашества «великой лакуной». Информация о монастырях Иудейской пустыни сводится, главным образом, к колофонам рукописей. Переход ближневосточных православных на арабский язык усугубил их изоляцию от Византии и поставил перед христианскими книжниками задачу перевода богослужебных текстов и всего корпуса христианского литературного наследия. Этот процесс начался в конце VIII в. и особенно интенсивен был в IX в. в таких монастырях Иудейской пустыни, как лавра преподобного Саввы Освященного и лавра преподобного Харитона, а также монастырь великомученицы Екатерины на Синае. Среди переписчиков самых ранних датированных арабоязычных мелькитских рукописей исследователям известны Стефан из Рамлы, монах лавры преподобного Харитона (877 г.), и Антоний/Давид Багдадский из лавры преподобного Саввы Освященного (885/886 г.). Наряду с переводами создавались оригинальные апологетические и полемические произведения. Первым известным исследователям христианским автором, который начал писать по-арабски, был Феодор Абу Курра (конец VIII – начало IX вв.), монах лавры преподобного Саввы Освященного (впоследствии епископ Харранский). Арабоязычные христианские тексты были призваны сформировать идентичность палестинских православных христиан. В этих апологетических и агиографических сочинениях центральным органом управления мелькитской общины выступал патриарший престол ИПЦ, высок был авторитет монашества Иудейской пустыни, в первую очередь, монастыря преподобного Саввы Освященного. Исследователи находят даже соперничество этих центров, например, за обладание мощами почитаемых новомучеников. Впоследствии информация о монастырях Иудейской пустыни становится всё более скудной.