До середины XIX в. лавра преподобного Саввы Освященного оставалась практически единственным действующим монастырём в Иудейской пустыне. На протяжении XVI – первой трети XVII вв. её заселяли сербские монахи. Сербский монастырь архангела Михаила стал метохом лавры в Иерусалиме. По источникам второй половины XVI в., в двух монастырях подвизалось от 30 до 80 иноков. Община савваитов не была этнически однородной, в лавре было немало греков и арабов. Корпорация савваитов напоминала монашескую республику, подобную Святой Горе Афон, Синаю или Святогробскому братству ИПЦ. Она обладала автономным статусом и охраняла корпоративные интересы, развивала собственную экономику, опиравшуюся на подворья в разных регионах Восточного Средиземноморья, и этнически окрашенную субкультуру. Русский паломник 1560 г. Василий Позняков сообщает также о возрождении монастыря св. Иоанна Предтечи у Иордана. Однако возвращение туда монахов, по мнению исследователей, было кратковременным. Посольство Трифона Коробейникова, раздававшее в 1593 г. русскую милостыню палестинским обителям и оставившее подробный их перечень, не упоминало об этом монастыре. Лавра преподобного Саввы Освященного столкнулась с серьёзными трудностями ввиду уменьшения поддержки с Балкан и растущего давления бедуинов, требовавших от монахов выплаты дани. С 1550 гг. монахи лавры пытались найти себе нового покровителя в лице России. В Москву неоднократно приезжали посольства савваитов; государи жаловали монастырю щедрую милостыню. Социально-экономический кризис Османского государства конца XVI в., временное прекращение паломничества и усиление бедуинского натиска привели к упадку общины савваитов. Из-за Смуты в России в начале XVII в. прекратилась русская милостыня монастырю. Оставив в лавре несколько старцев, основная часть монахов была вынуждена переселиться в монастырь архангела Михаила. Хотя монахи вернулись в лавру и около 1612 г. даже возвели там новую башню, строительство окончательно подорвало финансы монастыря. Возведение башни некоторые авторы расценивали как отражение конфликта в среде савваитов между сербами и греками и попытку сербов получить часть монастыря. Вскоре после 1636 г. сербы оставили свои палестинские обители. Иерусалимский патриарх Феофан погасил сербские долги и вернул оба монастыря под прямой контроль ИПЦ. В середине XVII в., при патриархе Паисии, 10–15 монахов возвратились в лавру Саввы Освященного. Исследователи полагают, что в 1660 или 1670 гг. лавра снова была оставлена, но в 1688 г. и в начале XVIII в. патриарх Досифей II в несколько этапов восстановил её. Монастырь стал пристанищем престарелых монахов и местом ссылки провинившихся. Паломники начала XVIII в. писали о 5–15 насельниках монастыря, авторы второй половины XVIII в. – о 20–30 человек. Все припасы в монастырь доставлялись из Иерусалима, монахи жили фактически на осадном положении в окружении бедуинов. После начала Греческого восстания 1821 г. Святогробское братство, разорённое османскими поборами, было не в состоянии откупаться от бедуинов, из-за конфликтов лавры с окрестными племенами ещё в конце 1820 – начале 1830 гг. иноки неоднократно собирались уйти в Иерусалим. Другие монастыри Иудейской пустыни оставались необитаемыми, хотя обители регулярно упоминаются в хождениях паломников. Наиболее часто они приходили на поклонение к развалинам монастырей св. Иоанна Предтечи и преподобного Герасима Иорданского, поднимались к пещерам Сорокадневной горы. Изучая паломнические описания XVII–XVIII вв., исследователи составили представление о прогрессирующем разрушении заброшенных обителей.