Исследователям известны несколько грузинских рукописей X–XI вв. из лавры преподобного Харитона. Александрийский патриарх Илия (964–1000 гг.) до возведения на престол был игуменом того же монастыря. Сохранились две рукописи середины XI в., переписанные в монастыре преподобного Герасима Иорданского. Исследователям известны печати Иорданского епископа Сотериха конца XI в., пребывавшего в монастыре св. Иоанна Предтечи; ряд печатей монастырей преподобного Саввы Освященного XI в. и преподобного Евфимия X–XI вв. Оживление связей ИПЦ с Византией с середины X в. стимулировало приток на Святую землю паломников; некоторые из них оставались в монастырях Иудейской пустыни. Паломническая литература позволяет исследователям сделать выводы о сохранении организационных связей между монастырями. Так, монастырь преподобного Евфимия и, возможно, другие обители выполняли вспомогательные функции при лавре преподобного Саввы Освященного, куда ссылали провинившихся или отправляли молодых иноков, готовившихся к монашескому пути. В 1009 г. в ходе антихристианских гонений фатимидского халифа аль-Хакима и кампании разрушения палестинских святынь был разорён монастырь преподобного Евфимия. К концу XI в. монастыри Иудейской пустынны пребывали в глубоком упадке. В 1099 г. бóльшая часть Палестины была завоёвана крестоносцами и вошла в состав Иерусалимского королевства. Притом что латинские духовные власти подавляли православную церковную иерархию и стремились подчинить себе местные мелькитские общины, иерусалимские короли вполне терпимо относились к монастырям Иудейской пустыни и оказывали им покровительство. Это объяснялось, в частности, союзническими отношениями крестоносцев с Византией, особенно в правление византийского императора Мануила I Комнина (1143–1180 гг.). Мануил I Комнин стремился играть роль защитника и покровителя вселенского православия и жертвовал значительные суммы на украшение палестинских храмов и монастырей. Активизировалось христианское паломничество на Святую землю, в том числе в Иудейскую пустыню. Конкуренции между католическими и православными монастырями не возникало и по причинам географическим. Католические монастыри, как правило, учреждались в густонаселённых сельских районах, православные – в Иудейской пустыне. Всё это стимулировало бурное возрождение монашеского движения в Иудейской пустыне, восстановление ряда заброшенных монастырей, обращение к разным формам ранневизантийского монашества, например, к столпничеству, а также создание литературных произведений в стиле житийных текстов IV–VII вв. Самое раннее свидетельство состояния монастырей Иудейской пустыни под властью крестоносцев принадлежит русскому паломнику начала XII в. игумену Даниилу, посетившему лавры преподобных Саввы, Феодосия и Харитона в Иудейской пустыне, а также монастыри Иоанна Златоуста и Каламон в долине Иордана. В отсутствие в Палестине православных патриархов игумен лавры преподобного Саввы Освященного выступал в роли предстоятеля православного населения и духовенства, как то было, например, во время пасхальных торжеств 1107 г. в Иерусалиме, описанных игуменом Даниилом. Почти 80 лет спустя Палестину обошёл византийский паломник Иоанн Фока. Помимо описания монастырей, которые видел игумен Даниил, он сообщил о восстановлении лавры преподобного Евфимия и монастыря Хозива, монастырей Каламон и св. Иоанна Предтечи у Иордана. Археологические изыскания подтвердили перестройку монастырей Хозива и Каламон.