В конце 1220 – середине 1230 гг. паломничество в Палестину дважды совершил Сербский архиепископ Савва I, Житие которого исследователи считают главным источником сведений об Иудейской пустыне в этот период. В нём упоминается о богатых пожертвованиях святителя Саввы палестинским монастырям, в том числе лавре преподобного Саввы Освященного, монастырям св. Иоанна Предтечи и Каламон, лаврам преподобных Феодосия и Евфимия, монастырю Искушения. Однако уже в конце 1230 гг. положение палестинского православия резко ухудшилось в связи с новым витком военного противостояния мусульман и крестоносцев. В 1244 г. крестоносцы были окончательно изгнаны из Иерусалима. В 1260 г. власть Айюбидов пала под ударом монголов, но и им не удалось удержаться в Палестине из-за сопротивления египетских мамлюков. Вся Палестина и Сирия на 250 лет вошли в состав Мамлюкского султаната. Мамлюки проводили достаточно жёсткую политику в отношении инаковерующих. Зиммии периодически подвергались гонениям и дискриминации. К этому добавились общий упадок земледельческого хозяйства в Сиро-Палестинском регионе, натиск кочевых племён и наступление пустыни. Христианские общины в местностях, примыкавших к Иудейской пустыне, сокращались и архаизировались, ослабевали их связи с монастырями. Обители лишились земельных владений в Палестине, которые большей частью были преобразованы в мусульманские вакфы. Теперь монашество Иудейской пустыни целиком зависело от милостыни, поступавшей из христианских стран. Монахи, главным образом, приезжали с Балкан и Кавказа, что усугубляло культурно-языковой барьер между насельниками монастырей и окрестным арабо-христианским населением. В Житии Саввы Сербского упоминаются отдельные колонии грузинских и русских монахов в лавре. Сохранились известная арабская рукопись 1247 г. и 11 греческих рукописей XIII–XV вв., которые были переписаны в лавре преподобного Саввы Освященного. На основании рукописей XIII–XIV вв. из монастыря апостола Иоанна Богослова исследователи сделали вывод о смешанном, греко-арабском составе его братии. Поддержка, поступавшая на Святую землю из Византии, Грузии, Сербии и других православных стран, была недостаточной для выживания обителей Иудейской пустыни. Их история в мамлюкский период, по сути, представляет собой хронику упадка деятельности монастырей. После XII в. не упоминается монастырь Иоанна Златоуста под Иерихоном. Последним свидетельством существования лавры преподобного Харитона Исповедника стала написанная там в 1223 г. арабская рукопись. На развалинах монастыря Каламон в XIII в. выросла арабская деревня Хаджала, впоследствии тоже покинутая жителями под натиском бедуинов. Савва Сербский был последним из паломников-писателей, кто посещал обители преподобных Феодосия и Евфимия до их запустения. Русский архимандрит Агрефений в 1370 гг. видел только руины монастыря преподобного Феодосия. Он же последним упоминает монастырь Хозива. C конца XIV в. исчезают упоминания о насельниках монастыря Искушения. Монастырь преподобного Герасима Иорданского, ещё действовавший в 1395 г. во время паломничества Игнатия Смольнянина, был уже заброшен, когда в Палестину пришёл следующий русский богомолец – диакон Зосима (1420–1421 гг.). Диакон был последним, кто посетил крупнейший в долине Иордана монастырь св. Иоанна Предтечи, когда там были монахи. Позднейшие паломники (1380 гг.) описывают его как пристанище разбойников. Последним монастырём в Иудейской пустыне осталась лавра преподобного Саввы Освященного. Паломники конца XIV – начала XV вв. сообщали, что там проживали от 15 до 30 иноков. К концу XV в. их было пять или шесть человек, а на рубеже XV и XVI вв. на некоторое время под натиском бедуинов монахи покинули лавру. Только в 1504 г. (дата условна) она была вновь заселена сербскими монахами из монастыря архангела Михаила в Иерусалиме.