В монастыре преподобного Герасима Иорданского сохранилась греческая надпись о его восстановлении в патриаршество Иоанна (предположительно Иоанна IX; 1156 или 1157 г. – до марта 1166 г.) и при игумене Иакове. Арабские надписи из монастырей преподобного Герасима Иорданского и Хозива содержат имена мастеров, перестраивавших обители. Характерной чертой монашеского движения эпохи крестоносцев исследователи называют смену этнического состава монахов Иудейской пустыни. В XII в. в отличие от раннеарабской эпохи большинство палестинских иноков были выходцами из удалённых стран православного мира: больше всего было греков; росло число грузинских монахов, которые часто фигурируют в паломнической и житийной литературе и других источниках. В палестинских обителях пребывали также выходцы из славянских земель, о чём свидетельствует, например, Житие преподобной Евфросинии Полоцкой. Историки отмечают влияние византийской монашеской традиции на католическое монашество Иерусалимского королевства. Так, до 1116 г. группа латинских клириков восстановила монастырь Искушения (бывшая лавра Дука) на Сорокадневной горе. Отмечено даже присутствие в лавре преподобного Саввы Освященного сообщества «франкских» монахов, составлявших одну из нескольких автономных этнических групп насельников монастыря. Монастыри получали богатые вклады из Византии, Грузии и других стран; эти средства позволили обителям приобрести значительные земельные владения в Палестине. Исследователям известны документы о пожаловании деревень лавре преподобного Саввы Освященного иерусалимской королевой Мелисендой (1131–1161 гг.), а также о различных земельных операциях палестинских обителей. По свидетельству Иоанна Фоки, долина Иордана была покрыта садами, которые находились в совместном пользовании монастырей Иудейской пустыни. Монастыри оставались центрами литературной жизни, там переписывались тексты литургического, богословского, канонического содержания, сохранявшие преемственность православной культурной традиции в Палестине. Кроме того, монастыри активно участвовали в антилатинской полемике. Сохранился ряд манускриптов с текстами полемической направленности, созданных в обителях Иудейской пустыни в XII–XIII вв. В 1187 г. Салах ад-Дин уничтожил армию крестоносцев в битве при Хаттине, овладел Иерусалимом и большей частью Палестины. В ходе этих военных потрясений пострадали некоторые монастыри Иудейской пустыни: отряд мусульман разорил монастырь преподобного Евфимия, взял в плен его насельников и отправил их в Дамаск. Латинские клирики были вынуждены покинуть монастырь Искушения на Сорокадневной горе, который впоследствии перешёл в руки православных. Как мусульманский духовный противовес монастырям Иудейской пустыни Салах ад-Дин основал у дороги на Иерихон суфийскую обитель Наби-Муса; при её строительстве было разрушено несколько десятков окрестных монашеских келий. Изгнание крестоносцев из Иерусалима позволило вернуться в город православным патриархам. В то же время, по данным источников XIII–XIV вв., игумен лавры преподобного Саввы Освященного по-прежнему сохранял огромное влияние в ИПЦ, выступая как второе лицо после патриарха. В 1229 г. Айюбиды уступили крестоносцам Иерусалим и Вифлеем; тем не менее, позиции ИПЦ в Святом граде не изменились. Власть «франков», судя по всему, не распространялась на территории Иудейской пустыни.