Своеобразный итог своей литературной деятельности он подвёл в «Завещании», написанном в 1200 г. Здесь он перечисляет свои главные сочинения и напоминает о том, что эти сочинения создавались по побуждению и благословению нескольких пап. Иоахим Флорский просит своих собратьев после его кончины не распространять никакие его сочинения до представления их с целью одобрения и исправления «апостольскому престолу». Исследователям известно, что в январе 1198 г. Иоахим Флорский был в Мессине у вдовы короля Генриха королевы Констанции, от которой получил подтверждение прежних привилегий для своего монастыря. Королева также взяла под своё покровительство три новых монастыря, основанных Иоахимом Флорским. После смерти королевы Иоахим Флорский вновь посетил королевский двор в Палермо в марте 1200 г.; от имени малолетнего Фридриха II (король Сицилии в 1197–1212 гг.) канцлер Гвальтер Палеарийский даровал Иоахиму Флорскому квадратную милю земли близ истока реки Арво для строительства гостиницы, в которой могли бы останавливаться паломники, а также жить флорские монахи в период зимней непогоды. В том же году кардинал Ченчо Савелли (впоследствии папа Гонорий III), папский легат в Калабрии, разрешил построить на предоставленной земле не только гостиницу, но и аббатство. Всего к 1202 г. Иоахим Флорский основал около десятка флорских монастырей. Из-за строительства новых монастырей и основания монашеских общин Иоахим Флорский постоянно был в разъездах по Калабрии; во время одной из таких поездок, целью которой было посещение незадолго до этого основанного монастыря св. Мартина близ местности Канале, он скончался. Дата кончины Иоахима Флорского известна исследователям благодаря свидетельству архиепископа Луки, который в воспоминаниях замечает, что Иоахим Флорский скончался в субботу третьей седмицы Великого поста, когда поётся интроит «Радуйся, пустыня жаждущая» (ср.: Ис. 35:1, по LXX), усматривая в этом свидетельство особого значения Иоахима Флорского как аскета и пустынножителя. Иоахим Флорский был погребён в том же монастыре, где скончался; лишь в 1240 г. его останки были перенесены в Флорское аббатство и положены в специально сооружённой крипте монастырской церкви. В XVI–XVII вв. останки несколько раз переносились в различные места церкви; в настоящее время место их первоначального погребения в крипте обозначено высеченным двустишием из «Божественной комедии» Данте Алигьери: «Калабрийский аббат Иоахим / Наделённый пророческим духом», однако достоверно неизвестно, находятся ли останки в крипте. В 1345 г., а затем ещё раз в начале XVII в. некоторые последователи Иоахима Флорского пытались инициировать процесс засвидетельстования его чудес и беатификации, однако поддержки церковной администрации эти начинания не получили. Николаус Лобковиц приводит даже фрагмент молитвы с упоминанием имени Иоахима Флорского: «Боже, Ты явил своё величие трем апостолам на горе Фавор и на том же месте открыл блаженному Иоахиму истину Писания...». Иоахим Флорский почитался как блаженный, по меньшей мере, монахами его Ордена; о существовании его культа свидетельствует и включение его Жития болландистами в корпус «Acta Sanctorum».