Храмы крупных городов могли иметь апсиды, облицованные по низу камнем или мрамором и с мозаиками в конхах, наличие которых устанавливается по находкам тессер (церковь св. Георгия и св. Феодора в Герасе, на акрополе в Авиле и на горе Нево). Сохранились фрагменты настенных мозаик (в том числе лика святого) из Византийской церкви в Петре (VI в.; Археологический музей, Амман). Судя по осыпям смальты, в герасенской церкви Феодора мозаиками были украшены и стены над колоннадами боковых нефов. Основным украшением церквей были напольные мозаики, обнаруженные едва ли не в каждом раскопанном храме. Благодаря греческим надписям с указанием епископа и года его правления многие мозаики имеют точные датировки (между концом V в. и серединой VIII в.). В стилистическом и иконографическом плане они близки друг другу. Мозаики изготовлялись в постоянно контактировавших мастерских, были распространены не только «книги образцов», но и продажи в разные города готовых сюжетов, монтировавшихся в новые композиции на месте. С точки зрения стиля мозаики Иордании достаточно скромные, иногда примитивно исполнены, почти лишены реминисценций античного иллюзионизма; стилистические изменения на протяжении веков практически не прослеживаются. Среди выделяющихся качеством произведений исследователи упоминают мозаики Византийской церкви в Петре, выполненные в традициях искусства эпохи императора Юстиниана (527–565 гг.), мозаики так называемой церкви Львов (574 или 589 г.), церкви св. Стефана в Кастрон-Мефаа (757 г.) – самого позднего ансамбля на территории Иордании. В напольных мозаиках часто встречаются образы святых (?) с нимбами (в церкви Илии, Марии и Сорег в Герасе, VI в.), донаторов (Феодора и Георгии в церкви св. Космы и Дамиана в Герасе, 533 г.; в церкви св. Стефана в Умм-эр-Расасе, 757 г.), персонификаций времён года (Зал времён года в церкви семьи Ксар; Ипполитов зал в церкви Богоматери, в церкви аль-Хадир – все в Мадабе, VI в.; в церкви диакона Фомы близ Айн-Муса у горы Нево, VI в.; в правом нефе церкви священника Ваила, 586 г.; в церквах епископа Сергия, 587/588 г.; св. Кириака в Эль-Кувайсме (Амман), VI в.; Илии, Марии и Сорег в Герасе, VI в.; в Зай-эль-Гарби в Гадаре, вторая половина VI в.), природных стихий и универсальных аллегорий (Таласса-море в церкви Апостолов в Мадабе, 565 или 576 г.; Гея-земля в церкви св. Георгия в Хирбат-эль-Мухаят, 535/536 г.; в верхней капелле священника Иоанна при церкви Амоса и Касисея в Вади-Африт у горы Нево, 565 г.; персонификации земли, океан, времён года и аллегории в Византийской церкви в Петре, VI в.), а также сельский стаффаж (фигурки крестьян, охотников, погонщиков, виноградарей, рыбаков), звери и птицы. В раскопанных виллах первой половины VI в. археологи нашли напольные мозаики с изображениями богов и героев и других персонажей языческой мифологии: наказание эротов с Афродитой, Адонисом и нимфами и Федра с Ипполитом – в Ипполитовом зале; Ахилл, Патрокл и Брисеида – перенесена в церковь Апостолов в Мадабе; Геракл с немейским львом и Ариадна (её фигура утрачена) с танцующими сатиром и вакханкой – перенесены в Археологический музей в Мадабе. Многие мозаики с изображениями людей в церквах были уничтожены (фигуры целиком либо только лица) и заложены белой и цветной смальтой. В Герасе в так называемой церкви-синагоге (III–IV вв., 530–531 гг.) исследователи обнаружили уникальный по иконографии памятник мозаичной напольной декорации синагоги со сценой шествия животных в ковчег Ноя (V – начало VI вв.?).