Слово «ипостась» довольно часто встречается в произведениях Климента Александрийского, для которого оно синонимично слову «природа»; у Иринея Лионского оно синонимично слову «сущность». В сходном значении оно употребляется в послании Диогнету, где выражает противопоставление внешнего вида и внутренней сути вещи: «Рассмотри не глазами только, но и разумом, какую сущность и какой облик имеют те, кого вы называете и считаете богами». Ириней Лионский свидетельствует также о том, что в современныйх ему гностических системах термин «ипостась» использовался в значении «корень», возможно, связанном с пониманием ипостаси как причины. У него речь идёт о системе Валентина, где первая восьмерица эонов является «корнем и ипостасью всего», – либо как материальная основа, либо как основа бытия. В последующие века отцы церкви также находили возможным употреблять термин «ипостась» в значении сущности в широком смысле. Именно так использовал слово «ипостась» Александрийский епископ Афанасий I Великий. Для него ипостась – это всякое творение Божье: «Совершенно необходимо..., чтобы Бог, Которому мы покланяемся и Которого мы проповедуем, был единым и истинным Богом, Господом твари и Создателем всякого существа. Сходная мысль встречается и у Григория Нисского, по словам которого «глагол невыразимой силы» (т.е. Божественный Логос) есть единственная причина ипостасного существования любой природы – как материальной, так и нематериальной. Согласно Григорию Нисскому, всё сущее является благим и имеет ипостась потому, что происходит от благого Бога. Напротив, всё, что не происходит от Бога, не имеет ипостаси, поэтому зло неипостасно, т.е. не имеет конкретного самостоятельного существования (см. подробнее в ст. Зло). Сопоставляя широкое понимание термина «ипостась» со специфическим смыслом, который был придан этому термину в христианском богословии начиная с IV в., Иоанн Дамаскин замечал: «Наименование «ипостась» имеет два значения: если говорить просто, оно означает просто сущность, тогда как (слово) «ипостась» в собственном смысле означает индивид и отдельное лицо». Исследователи полагают, что впервые в патристической литературе богословское различие между понятиями «сущность» и «ипостась» было предложено в III в. Оригеном. В трактате «Против Цельса» он писал об Отце и Сыне как о «двух Ипостасях» и «двух вещах, (различающихся) по ипостаси», а в комментариях на Евангелие от Иоанна прямо утверждал: «Мы убеждены, что существуют три Ипостаси – Отец и Сын и Святой Дух». Ученик Оригена Александрийский епископ Дионисий Великий также развивал учение о различии сущности и ипостаси, но, стремясь опровергнуть савеллианство, сам того не желая, подготовил почву для учения о неподобии между Отцом и Сыном. В отличие от Оригена Александрийский епископ Афанасий строго не различал термины «сущность» и «ипостась», что видно из его высказывания: «Ипостась есть сущность и не означает ничего другого, кроме самого сущего... Ибо ипостась и сущность есть бытие». Лишь иногда в поздних работах Афанасий разводил эти понятия и говорил о единой сущности и трёх Ипостасях.