Причиной того, что крестьяне массово уходили из своих деревень, являлось увеличение государственных налогов, связанное с военными кампаниями конца XVII – начала XVIII вв. – Крымскими походами Василия Васильевича Голицына, Азовскими походами Петра I и Северной войной. В 1697 г. Иннокентиев Комельский монастырь участвовал в «кумпанстве» по постройке судна для Азовской флотилии. На обитель пришлось примерно полтора процента суммы в 2128 руб. 24 алтына 5 денег, основная часть которой собиралась с вотчин Кириллова Белозерского монастыря, Вологодского архиерейского дома, Павлова Обнорского и Корнилиева Комельского монастырей. Иннокентиев Комельский монастырь пытался вернуть крестьян, бежавших в Вологду и записавшихся в посадское тягло. В 1686 г. от игумена Павла в Вологодскую приказную избу поступила челобитная о возвращении бежавших в Вологду крестьян – Якушки Федотова с братьями, которые уже были отмечены в переписной книге Вологды 1678 г. как жители посада. Дело решалось в Москве в Новгородской четверти, и в июне 1689 г. игумену Павлу было отказано в его челобитье. В ноябре 1693 г. было решено беглых крестьян, живших на посадах Новгорода, Ярославля и Вологды, не отдавать прежним владельцам. Среди челобитчиков, которые не смогли вернуть своих крепостных, вновь назван Иннокентиев Комельский монастырь. Значительная доля ответственности за охвативший Иннокентиев Комельский монастырь хозяйственный кризис лежит на тех, кто возглавляли обитель. Рост налогов и трудности с возвращением беглых крестьян не привели к разорению других вологодских обителей. Опись имущества Иннокентиева Комельского монастыря 1701 г. свидетельствует о том, что дополнительным негативным фактором стало плохое управление вотчинным хозяйством. В ситуации, когда одновременно увеличились платежи в казну, и уменьшилось число плательщиков, монастырь стал занимать большие суммы денег. Наиболее крупная и, вероятно, первая по времени ссуда была взята для выплаты стрелецких денег: «Заимовали на платеж стрелецкого хлеба у иноземца Ивана Гутмана сто пятьдесят рублев, а давали ему с вершку по сту по пятидесят четвертей овса на год. Они ж на него многие работы работали и тому долгу на расплату заняли они дому архиерейского у приказного Василья Борисова сто пятьдесят рублев, а писана та кабала в трехстах рублев». В источниках указаны ещё девять человек, у которых было взято в долг от 5 до 30 руб. По этим займам обители предстояло выплачивать высокие проценты. Максимальную прибыль получил бывший строитель монастыря старец Феодот. Он дал в долг 20 руб., а кабала была составлена на 44 руб. При этом монастырские власти не прикладывали особых усилий для уменьшения расходов.