29 сентября 1623 г. игумен Геннадий получил от царя Михаила Фёдоровича новую жалованную грамоту вместо утраченных в Смутное время. По ней игумен «з братиею, или хто по нем иныи игумены и братия в монастыре будут» получали налоговые льготы: «Монастырские вотчины наших никаких податей, и денежных поборов, и казачьих хлебных запасов, и кормов не давати, опричь ямских денег, и стрелецких хлебных запасов, и городового и острожного дела». Монастырь и его владения освобождались также от воеводского суда «опричь душегубства, и розбоя, и татьбы с поличным... и ведает и судит своих монастырских людей и крестьян игумен з братиею сами во всем, или кому прикажут». В случае если в судебном деле участвовали люди, жившие вне монастырской вотчины, то назначался смесный суд. «А в духовном деле игумена з братьею судит богомолец наш архиепископ Вологоцкий и Великопермский». Грамота защищала обитель от произвола светских властей: «Воеводы наши, и дьяки, и всякие ратные и проезжие люди в наших монастырских селех и деревнях силно не ставятца и подвод, и проводников, и кормов своих и конских у них не емлют, а кому у них лучитца ставити, и они корм свои и конской купят у них, как им продадут». При проезде по монастырским делам без товара к Москве монастырские люди освобождались от всех дорожных пошлин (Российский государственный архив древних актов). В 1632 г. монастырь получил ещё одну сотную грамоту. В 1620 – начале 1630 гг. настоятелем был игумен Геннадий, затем Геласий (1656 г.), Макарий (1659 г.), Феодосий (1661 г.), Авраамий (1665 г.), Афанасий (1676–1680 гг.), игумены Павел (1686 г.), Филарет (1691–1695 гг.), Иосиф (1696–1698 гг.). В начале XVIII в. монастырь возглавлял игумен Акила, в 1723 г. игуменом был назначен Макарий (Хворостин), в 1729 и 1738 гг. настоятелем был Сергий, в 1752 г. – Тихон (Государственный архив Вологодской области). На момент составления сотной грамоты 1621 г. в монастыре было четыре кельи, в которых могли жить помимо игумена от трёх до шести человек. В 1632 г. пострижеников было столько же, только к концу XVII в. их число (вместе с игуменом) возросло до 16. В конце 1730 – начале 1740 гг. в Иннокентиевом Комельском монастыре проживали шесть монахов под управлением иеромонаха. Кроме того, в обители жили церковнослужители из белого духовенства – священник, дьякон, головщик, канонарх, пономарь и звонарь (Российский государственный архив древних актов). В 1620 гг. в вотчине Иннокентиева Комельского монастыря жили служебник и монастырские детёныши (как правило, осиротевшие дети и подростки, которые, вырастая, работали в обители), в начале 1630 гг. – слуга, служебник, монастырские детёныши, к 1701 г. числилось семь слуг.