В 1604 г., когда правительство собирало войско для борьбы с Лжедмитрием I и из монастырей Вологодского уезда рекрутировались даточные люди, Иннокентиев Комельский монастырь выставил в войско монастырского служку. В период Смуты Иннокентиев Комельский монастырь вновь был разорён. С 22 по 25 сентября 1612 г. отряд, отделившийся от войска гетмана Яна Хоткевича, громил Вологду. Город был взят «изгоном», как позже писал архиепископ Вологодский и Великопермский, «пропили Вологду воеводы». Поляки спешили к Вологде, и большая часть монастырей Комельской волости осталась нетронутой, однако, из-за того что Иннокентиев Комельский монастырь находился у дороги из Галича, по которой двигались захватчики, он вновь пострадал. Как сообщал настоятель в челобитной 1623 г., «приходили на Вологду полские и литовские люди, и тот-де монастырь разорили, и братие посекли, и та-де жалованная грамота и иные крепости в монастыре згорели» (Российский государственный архив древних актов). Окончание Смуты не привело к восстановлению мирной жизни на территории Комельской волости. Регион продолжал нести урон от набегов казачьих отрядов и в период восстановления Русского государства в 1613–1617 гг. Вотчина Иннокентиева Комельского монастыря в этот период также пострадала: в деревне Ржище в 1614/1615 г. казаки убили крестьянина, а крестьянин в деревне Дворцы погиб в 1616/1617 г. от рук «литовских людей». Запустение в вотчине Иннокентиева Комельского монастыря за годы Смуты и после Смутного времени оказалось самым длительным в южной части Вологодского уезда. К 1620 г. во владениях монастыря стали пустошами более половины деревень, а в оставшихся деревнях почти половина крестьян перешли в разряд бобылей. Только к середине XVII в. экономическое состояние обители постепенно улучшилось. В вологодской степени среди 23 обителей Иннокентиев Комельский монастырь занимал лишь 17-е место. Относительное благополучие Иннокентиева Комельского монастыря во второй половине XVII в. связано, как полагают  исследователи, с покровительством боярыни Елены Борисовны Хворостининой (супруги Фёдора Юрьевича Хворостинина, любимца царя Алексея Михайловича) и её дочери (супруги дядьки Петра I Бориса Алексеевича Голицына). Их имена зафиксированы в монастырской описи 1701 г. Среди вкладчиков обители отмечены и другие жители Москвы – стольник Иван Афанасьевич Нарбеков, клирик Никольской церкви в Кошелях священник Доментиан Архипов, подьячий Патриаршего разряда Юрий Михайлович Подгорский. Первое подробное описание Иннокентиева Комельского монастыря содержится в сотной грамоте, данной в 1621 г. игумену Геннадию.