В 1678 г. на монастырском дворе в Вологде жил служебник Аксён Исаков (Российский государственный архив древних актов). В 1701–1702 гг. дворником при вологодском дворе был Иван Аксёнов. В 1711–1712 гг. двор выглядел следующим образом: «В длину 15 сажен полтора аршина, поперег по лицу 10 сажен с четью. Хором: изба, против сенник прирубной с перерубом, под ним анбар, за ним стая конская, под ней сеновня, у задних ворот баня. За двором огород в длину 68 сажен полтора аршина, поперег с двором равно». Библиотека, включавшая к 1701 г. чуть меньше 50 томов, содержала, по большей части, богослужебные книги. В ней хранились также Шестоднев (М., XVII в.), два толковых Евангелия (рукописное и печатное; Евангелие с толкованиями Феофилакта Болгарского в XVII в. в Москве издавалось в 1649 и 1698 г.), рукописный Измарагд. Из сочинений отцов церкви и подвижников названы «Поучения» Ефрема Сирина (рукописная и две печатные; книга выходила в 1647 и 1667 гг.), «О священстве» Иоанна Златоуста (печатная, 2 экз.; 1664 г.), «Симеон Новый Богослов» и «Пётр Дамаскин» (обе рукописные). Житийная литература представлена лишь «Николаевым житием». Имелись также «Меч духовный» (К., 1666, 1686 гг.) архиепископа Лазаря (Барановича) и «Обед душевный» (М., 1681 г.) Симеона Полоцкого. Среди печатных книг упоминается и «Филистимновая, полууставье», т.е. Часослов, или Псалтирь с восследованием, принадлежавшая ранее «Филистиму» (по мнению исследователей, искажённое «Филикиссим»). Однако она могла быть и рукописной, поскольку переписчик тут же указывает: «Сенодик родителской», который в описи 1723 г. назван письменным. К 1723 г. в обители появились новые книги, не отмеченные в описи 1701 г., – «Чиновник новой» (1721 г.), «Тетрадь печатная прибавочная ектений о победе над сопостаты христоименитому воинству» (М., 1701, 1704, 1722 гг.), «Тетрадь, служба о победе, Богом дарованной, под Полтавой над шведским королём» (М., не раньше середины 1709 г.) архиепископа Феофилакта (Лопатинского), «Поучения» преподобного Ефрема Сирина и аввы Дорофея (1652 г.), «Зерцало мирозрительное» – «Диоптра, или Зерцало живота во мире сем человеческаго» (Кутеин, 1651 г.) дубенского игумена Виталия, Киево-Печерский патерик (как полагают исследователи, Киев, 1702 г.) и рукописное Житие преподобного Иннокентия. По мнению исследователей, санкционировав строительство церкви над захоронением Иннокентия и снабдив обитель его Житием, духовные власти надеялись, что пример начальника обители станет духовной опорой для насельников монастыря, переживавших сложное время. Из содержания описей монастырского имущества и сохранившихся источников исследователи составили представление об архиве Иннокентиева Комельского монастыря в XVII – начале XVIII вв.