Среди документации много грамот, касающихся монастырского землевладения. Это, прежде всего, царская жалованная грамота 1625 г., а также материалы писцового делопроизводства – сотные грамоты и выписи из писцовых и межевых книг 1632, 1651, 1675/1676 гг. (оригинал и список из вологодских межевых книг на земли Павлова и Иннокентиева монастырей 1675/1676 г. хранятся в Российском государственном архиве древних актов). Важную роль играли и документы, касающиеся налогообложения монастырских крестьян. Это – царские грамоты 1677 и 1680 гг. об уплате монастырскими крестьянами ямских и полоняничных денег, грамота 1687 г. об освобождении нищих, живших в монастырской вотчине, от уплаты денежного налога, грамота 1690 г. о сборе с монастырских крестьян конских пошлинных денег в монастырскую казну, грамота 1691 г. об освобождении нищих крестьян от сбора денег на покупку конских кормов и грамота 1701 г. об освобождении нищих крестьян от сбора денег в корабельное строение. Грамоты Вологодских архиереев устанавливали размер оброка, который должны были платить обители вотчинные крестьяне (1656/1657 г.), и освобождали от натурального оброка вотчинных крестьян, которые делали «монастырское зделье» (1692/1693 г.). Межевые и полюбовные записи 1628, 1671, 1674, 1681, 1691 и 1692 гг. регулировали поземельные споры монастыря с соседями. Мировая запись 1677 г. разрешала конфликт между обителью, иноземцем В. Иовлевым и посадским человеком Я. Манойловым – «в бою и увечье игумена и слуг и смертном убийстве слуги», по меновной записи 1695 г. Иннокентиев Комельский монастырь приобрёл часть пустоши Ивашево. В описи 1723 г. отмечен другой документ – грамота архиепископу Вологодскому и Белозерскому Гавриилу о владении монастыря землёй (1695 г.). В описи имущества Иннокентиева Комельского монастыря упоминаются и другие документы, находившиеся в составе архива, но несохранившиеся. Это – царские указы и грамоты из приказа Большого дворца об уплате налогов и о размере жалованья монастырским слугам, царские указы о переводе монастырских крестьян в даточные, в плотники, в кирпичники, отписи из Конюшенного приказа в полевных деньгах. Среди внутривотчинных документов в описи упоминается вкладная книга 1656–1701 гг. В архиве хранилось большое количество заемных кабал на крестьян, слуг и помещиков, причём отдельно записаны кабалы на крестьян обители, отдельно на помещиков и на крестьян других владельцев. В архиве были также платёжные отписи, приходные и расходные книги мирских старост, монастырских житников и дворников, живших в монастырском дворе в Вологде, сметные списки, «что в... монастыре и в вотчине денежнаго и хлебнаго приходу и росходу». Наиболее важные документы хранились в «подголовке» (особом сундуке), который находился в ведении казначея. Именно эти документы подробно переписал составитель описи. Часть материалов, очевидно, менее значимых, находилась в «коробье».