Об исходившей из Иннокентиева Комельского монастыря документации исследователям позволяют судить материалы, сохранившиеся в других архивах. Среди них – челобитные архиепископу Вологодскому и Великопермскому Симону крестьянина и келаря монастыря 1667 и 1669 гг. (Государственный архив Вологодской области), сметная выписка старца Иоасафа о соляном промысле 1693 г. (Российская государственная библиотека), судебное дело против игумена Акилы 1705 г., прошение слуг обители на имя Вологодского и Белозерского архиепископа о выдаче им хлебного и денежного жалованья 1752 г. (Государственный архив Вологодской области) и др. Сохранилась лишь ничтожная часть обширного монастырского архива. В начале 1620 гг. вотчину Иннокентиева Комельского монастыря составляли 36 селений, но жилыми из них были лишь 12. В деревнях монастыря располагалось 55 крестьянских дворов, в которых жили 55 дворовладельцев, а также четыре монастырских двора, где жили слуги, служебники и детёныши, и три двора церковнослужителей. К 1627–1630 гг. количество крестьянских дворов уменьшилось до 53, в них жил 71 крестьянин. В середине XVII в. в вотчине обители находилось 130 крестьянских дворов, в 1701 г. – 32 жилые деревни, а в них 127 крестьянских дворов с численностью зависимого населения 569 мужчин. Основу материального обеспечения Иннокентиева Комельского монастыря составляли земельные угодья. В 1620 гг. обитель владела 1582,5 десятины. Из них 15,75 десятины приходилось на пашню, которую обрабатывали вотчинные крестьяне, и 3,75 десятины – на пашню «наездом», которую пахали монастырские служебники и детёныши. Огромное количество земли Иннокентиева Комельского монастыря находилось в запустении – 1389 десятин бывшей пашни поросли лесом. Непашенный лес занимал 22,5 десятины земельной площади. Около 55 десятин приходилось на сенокосные угодья. На протяжении XVII в. земельные владения обители увеличивались. Так, в 1694/1695 г. Иннокентиеву Комельскому монастырю из поместья А.М. Скорбеева перешла половина пустоши Ивашево. Часть дохода Иннокентиев Комельский монастырь получал от сдачи в аренду своих угодий, в первую очередь, сенокосных. Так, в начале XVIII в. в аренду монастырским крестьянам отдавались 10 пожен, арендная плата за них составляла от 8 алтын 2 денег до 1 руб. с полтиной. Большое место в хозяйстве занимало животноводство. Уже в сотной грамоте 1621 г. упоминается коровий двор. В начале XVIII в. на монастырской конюшне было 88 лошадей, а на скотном дворе – 93 коровы, 47 овец, козёл и две козы. В это время было развито и пчеловодство: в монастыре находилось пять ульев.