В хозяйстве обители было также две мельницы. Одна из них располагалась на реке Еде, вблизи деревни Меленка, в 1620 гг. при ней жил монастырский мельник Исачко Кузьмин. Вторая мельница находилась близ деревни Блазнино, также на реке Еде: «А поставили ту мелницу Никентьева монастыря старцы по дачи тутошних крестьян блазновскых. А у мелницы два колеса, а в мелничном анбаре уставлены двои жорновы, а над ними два ковши. Да у мелницы дворец. А хором на нем: изба, да две житонки, да сенонка. А мелет-де та мелница в весне да в осень, в большую воду. А средь лета и в зиме не мелет» (Российский государственный архив древних актов). Опись 1701 г. даёт подробное описание мельниц: «На речке Еде того ж монастыря мельница, а на ней мельник Бориско Макаров, родом того ж монастыря служебничей сын деревни Меленки; зажилого ему на год по десяти алтын да платье. Два анбара, а в них двои жернова да толчея. Мелет в вешнее время на монастырской обиход небольшое число... Да на речке Еде под деревней Меленкой их же монастырская мельница, два анбара, а в них двои жернова да толчея. И та мельница мелет про монастырской обиход вешнею и осеннею водою и по малое число». При Иннокентиевом Комельском монастыре проходили, по меньшей мере, две ярмарки, приуроченные к престольным праздникам – Преображению Господню и Третьему обретению главы Иоанна Предтечи. Об одной из них, Преображенской, упоминается в приходо-расходной книге Павлова Обнорского монастыря 1694 г. (Российский государственный архив древних актов). Некоторое время в монастыре изготовлялись сальные свечи. По крайней мере, в описи 1701 г. вместе со старинными книгами, сломанными пистолетами и «шляпой старческой» значится 15 «фурм белово железа, что салные свечи льют». В 1680–1690 гг. Иннокентиев Комельский монастырь владел соляной варницей. В 1693 г. старец Иосиф отчитывался, «сколько в котором году… соляного варенья недель было и что в приходе в котором году дров у него было». Из составленной Иосифом сметной выписи видно, что с марта 1690 г. по май 1693 г. варница работала лишь 17 недель. До этого времени работами на варнице руководил старец Макарий. В описи 1701 г. варница уже не упоминается. Хозяйственный кризис в Иннокентиевом Комельском монастыре в конце 1680 – 1690 гг. привёл к массовому бегству крестьян. К 1702 г. в вотчине стояли пустыми 62 двора. С 1682 по 1702 гг. вотчину монастыря покинули 72 мужчины. Из них 5 были взяты в солдаты, один человек – в кирпичники, два – в плотники. Трое бывших крестьян жили за счёт общины – «кормились в мире». Наибольшее число монастырских крестьян покинуло свои деревни в 1686/1687 и 1695/1696 гг. – по 8 человек, в 1697/1698 г. – 12, в 1701 г. – 16 и в 1702 г. – 11 человек. Учитывая, что население вотчины в 1702 г. составляло 569 человек, потеря была огромной.