Некоторые католические авторы, согласно Иоанну, идут по пути полного обожествления Пресвятой Девы Марии, называют Её «дополнением Святой Троицы». Иоанн показывает бессмысленность учения о том, что Дева Мария была очищена «прежде рождения», или что Она была «сохранена от первородного греха» и таким образом была сохранена и от личных грехов. «Один только Бог без греха» – эту истину Иоанн подкрепляет высказываниями западных св. отцов, Амвросия Медиоланского, Августина Блаженного и др. Однако и после того, как Христос, пройдя через девственную Матерь, очистил Её женское естество, Богоматерь «не была поставлена в невозможность согрешить, но продолжала заботиться о Своём спасении и победила все соблазны» (в подтверждение этого положения Иоанн ссылается на Василия Великого, Иоанна Златоуста). В статье «Почитание Богородицы и Иоанна Крестителя и новое направление русской религиозно-философской мысли» Иоанн пишет: «Что Пречистая Дева была чужда греховных падений и безнравственных поступков – составляет всеобщее православное верование, но этим не утверждается совершенная безгрешность Её». По такому же пути, что и католические богословы, идут, согласно Иоанну, и «лже-софианцы», учение которых он подверг критике в статье «Почитание Богородицы и Иоанна Крестителя и новое направление русской религиозно-философской мысли», впервые напечатанной в издававшейся графом Юрием Петровичем Граббе в Королевстве сербов, хорватов и словенцев (в дальнейшем в Югославии) газете «Голос Верноподданнаго» за 1928 г., затем –  в 1936–1937 гг. в белградском журнале «Церковная жизнь» (редактор Ю.П. Граббе). Этой теме посвящено и сочинение «Учение о Софии, Премудрости Божьей», вышедшее в 1930 г. в Варшаве. В статье Иоанн пишет: «Говоря о прославлении Божьей Матери, протоиерей Булгаков проводит параллель между Иисусом Христом и Девой Марией. Подобно тому, как второе Лицо Святой Троицы – Сын Божий называется в Священном Писании, святоотеческих творениях и молитвах – Премудростию Божьей (1 Кор. 1:24, 30), он называет и Богородицу Премудростью (по-гречески, София) и говорит, что есть два образа Премудрости (Софии) и два человеческих образа в небесах: Богочеловека и Богоматери. «Образ Божий раскрывается и осуществляется в небесах, как образ двух: Христа и Матери Его»». Таким образом, согласно протоиерею Сергию Булгакову, продолжает Иоанн, Божья Матерь как бы становится рядом со Своим Сыном в деле искупления человеческого рода. Хотя протоиерей Сергий Булгаков предупреждает, что не разделяет мысли, будто Богоматерь принимает участие в искуплении наравне с Сыном, однако, отмечает Иоанн, по его учению, дело искупления всего человеческого рода было бы неполно и незаконченно, если бы кроме Богочеловека Иисуса не было и женского начала в лице Девы Марии.