По свидетельству патриарха, во время крестного хода, совершённого им 14 мая 1822 г., иконы апостола Иоанна Богослова и преподобного Христодула покрылись потом. «Святые встретили препятствие в молитве своей о нас пред Господом» – так истолковал это событие патриарх. Воспитанниками Патмиады были члены тайного общества «Филики этерия» («Дружеское общество») Э. Ксанфос (один из трёх основателей этой организации) и Д. Фемелис. Однако по условиям Константинопольского мира (9 июля 1832 г.) Патмос вместе с другими островами, входившими в архипелаг Додеканес, остался в составе Османской империи. Великий князь Константин Николаевич, отец греческой королевы Ольги, посетил Патмос в 1845 г. и пожертвовал монастырю Иоанна Богослова значительную сумму – 3 тыс. пиастров. В 1883 г. постриженики монастыря Иоанна Богослова братья митрополит Пелусийский Амфилохий (Каппос; ум. в 1905 г.) и иеромонах Никодим (Каппос; ум. в 1895 г.) восстановили исихастирий Успения Пресвятой Богородицы в Ливади-тон-Калойирон. В конце XIX в. в монастыре Иоанна Богослова подвизалось сорок иеромонахов, два монаха и шесть иеродиаконов. Пострижеником монастыря Иоанна Богослова и воспитанником Патмиады был Платон Новый (Айвазидис; 1852–1921 гг.). По местной традиции иеромонахи монастыря Иоанна Богослова исполняли в приходах острова обязанности приходских священников. Из своих доходов монастырь Иоанна Богослова выплачивал половину налога, ежегодно взимавшегося турецким правительством с жителей Патмоса, и половину жалованья врачу и учителям на острове; за счёт монастырских средств содержались сироты, получали помощь престарелые одинокие вдовы, обеспечивались приданым бедные девицы и т.п. В начале ХХ в. на Патмосе (в кафизме Панагии «ту Грава» и в монастыре Иоанна Богослова) подвизался Савва Калимносский (около 1862 – 1948 гг.). В 1902 г. Патмиада была преобразована в семинарию. В 1907 г. из-за материальных трудностей учебное заведение было переведено на остров Самос. В 1912 г. в результате Турецко-итальянской войны Патмос перешёл к итальянцам, которые удерживали его до 1943 г. В связи с этим в 1912 г. Патмиада была закрыта. 1 июня 1912 г. в монастыре Иоанна Богослова собрались представители всех островов Додеканес с целью провозглашения автономного Эгейского государства и изъявления готовности объединиться с Грецией. Собрание было разогнано, а его участники заключены в тюрьму итальянскими властями. В 1917 г. старец Амфилохий (Макрис; 1888–1970 гг., проигумен монастыря Иоанна Богослова в 1935–1937 гг.) занялся озеленением острова: насадил сосны, кипарисы и оливы. Эту традицию продолжили кафигумены монастыря Иоанна Богослова Симеон, Иеремия (Вастас; ум. в 1991 г.), Павел (Никитарас; ум. в 1999 г.) и схолархи Патмиады Мелетий и Максим.