В 1713 г. уроженец Патмоса местночтимый святой иеродиакон Макарий (Калогера) (преподобный Макарий Патмосский; 1688–1737 гг.), получивший образование в Патриаршей великой школе нации в Константинополе, основал к югу от пещеры Апокалипсиса церковную школу Патмиада – очаг просвещения и греческой культуры в Османской империи. В Патмиаде преподавались богословие, философия, греческая и латинская филология, риторика, логика и др. При обучении использовались рукописи из монастырской библиотеки. Ричард Покок отметил, что ученики Патмиады изучали «Физику» и «Метафизику» Аристотеля по манускрипту из библиотеки монастыря Иоанна Богослова. Если в 1731 г. число учеников Патмиады составляло чуть более 50 человек, то в 1737 г. оно превысило сто человек. Двух наиболее одарённых выпускников Патмиады Макарий назначил своими помощниками – иеромонаха Косму с острова Лемнос и иеромонаха Иакова Патмосского, а после его отъезда в Триполис – Герасима Византийского (ум. в 1740 г.). В Патмиаду с целью получить образование приезжали не только с островов Эгейского моря и из городов малоазийского побережья (Смирны и др.), но и из Константинополя, Македонии, Фессалии, с Пелопоннеса, Ионических островов, Крита, Кипра, Синая. В течение шести лет в Патмиаде обучался Василий Григорьевич Григорович-Барский. После смерти Макария Патмосского в 1737–1740 гг. схолархом (начальником школы) был иеромонах Герасим Византийский, в 1740–1773 гг. – монах Василий (Куталинос). В 1769 г. в школе был проведён ряд преобразований, в том числе вместо одного дидаскала назначено два: один – для преподавания философских, другой – филологических наук. Первую должность сохранил за собой монах Василий (Куталинос), а на другую был определён его ученик монах Даниил (Керамевс; ум. в 1801 г.). В 1773 г., после смерти монаха Василия, даровитый филолог и блестящий оратор Даниил (Керамевс) стал его преемником, уступив место второго дидаскала монаху Мисаилу (Маргаритису; схоларх в 1801–1809 гг.). Из других выдающихся преподавателей исследователи называют иеродиакона Паисия (Карапатаса; схоларх в 1809–1817 гг.), иеромонаха Неофита Византийского, иеромонаха Иерофея (Флоридиса), И. Сакеллиона, М. Маландракиса, иеродиакона Александра (Дипланаса) и др. В 1772–1775 гг. в Патмиаде обучался принявший постриг в монастыре Иоанна Богослова будущий Константинопольский патриарх Григорий V. Помимо Григория V из числа воспитанников Патмиады было поставлено более 70 епископов и пять патриархов: Константинопольский Анфим IV (1840–1841, 1848–1852 гг.), Иерусалимский Ефрем II Афинянин (1766–1770 или 1771 гг.), Александрийские Парфений II (1788–1805 гг.), Феофил II (Панкостас; 1805–1825 гг.) и Иаков II Патмосец (1861–1865 гг.).