В настоящее время братия монастыря приняла решение высаживать каждый год по 300 деревьев. Амфилохием (Макрисом) была восстановлена кафизма Христа «тис Аргирис» (1917 г.), основаны монастырь Благовещения Пресвятой Богородицы на Патмосе (1935 г.) и кафизма праведного Иосифа Обручника в Куварионе (1940 г.). В 1943–1945 гг. остров был оккупирован немцами, с 1945 г. им управляли англичане. Согласно Парижским соглашениям (10 февраля 1947 г.), Патмос в числе других островов Додеканес вошёл в состав Греции, официально объединение произошло 7 марта 1948 г. В 1947 г. была вновь открыта Патмиада, действующая теперь как средняя церковная школа. В 1949 г. на средства монастыря Иоанна Богослова для Патмиады было построено новое здание. Кроме того, монастырь Иоанна Богослова заботился о начальных школах, занимался проблемами медицинского обслуживания. В 1970 гг. для библиотеки было специально оборудовано помещение в подвале нового здания музея-ризницы. В 1981 г. Греческое государство провозгласило Патмос «священным островом». Открытие библиотеки Константинопольским патриархом Димитрием I было приурочено к празднованию 900-летия основания монастыря. Торжества состоялись 25–27 сентября 1988 г. Тогда же вышли в свет несколько научных изданий, посвящённых монастырю Иоанна Богослова. С 22 по 26 сентября 1995 г. отмечалась 1900-летняя годовщина ссылки апостола Иоанна Богослова на Патмос, в церковных мероприятиях участвовали православные патриархи и предстоятели церквей христианского Востока. В 1990 гг. были созданы мастерские по реставрации рукописей и икон. Были отреставрированы иконостасы кафоликона и придела Пресвятой Богородицы, с 1995 г. ведутся работы по расчистке фресок кафоликона. 4 декабря 1999 г. монастырь Иоанна Богослова был включён в Список Всемирного культурного наследия ЮНЕСКО (официальная церемония провозглашения памятником ЮНЕСКО – август 2006 г.). 24 января 2000 г. монастырь Иоанна Богослова был преобразован из особножительного в общежительный. Кафигуменом был избран постриженик обители архимандрит Антипа (Никитарас), защитивший в 1998 г. докторскую диссертацию «Монастырь апостола Иоанна Богослова и Патриарший Экзархат Патмоса». Кафигумен Антипа является автором ряда книг, в том числе посвящённых истории монастырю Иоанна Богослова: «Предотвращение преступления согласно практике Православной Церкви» (Патмос, 2001 г.), «Деревянный резной иконостас кафоликона Патмосского монастыря» (Патмос, 2005 г.), «Житие и служба святым, просиявшим на Патмосе» (Патмос, 2006 г.), «Книга Апокалипсис» (Патмос, 2007 г.), «Путеводитель по священному монастырю св. Иоанна Богослова на Патмосе» (Патмос, 2007 г.), «Сила молитвы» (Патмос, 2008 г.) и др. В 2006 г. в монастыре Иоанна Богослова был открыт Центр православной культуры и информации в Скале, действует «Центр поддержания семьи». В настоящее время в монастыре Иоанна Богослова подвизается 35 монахов.