С утратой критских подворий пошатнулось благосостояние монастыря Иоанна Богослова. С этого времени монастырь стал испытывать экономические трудности. В 1659 г., во время военной экспедиции Томмазо Морозини, Патмос был разграблен венецианцами. После захвата турками Крита оттуда на Патмос хлынули беженцы; большинство из них обосновались в Хоре. Значительную материальную помощь монастырю оказали правители Дунайских княжеств. Регулярные поездки патмосцев в Россию начались только с 1646 г., когда в Путивль прибыли архимандрит Дамаскин, келарь Иоанникий и иеромонах Арсений. В 1656 г. подворье монастыря Иоанна Богослова (монастырь Рождества Пресвятой Богородицы на Милосе) получило жалованную грамоту, в которой царь Алексей Михайлович разрешал приезжать в Россию каждые два года за милостыней и проводить сбор пожертвований среди населения. Посольство 1704 г. поднесло в дар Петру I частицы мощей великомучеников Георгия Победоносца и Меркурия, а архимандрит Никифор обещал привезти «с островов и из Царяграда людей добрых, капитанов, мастеров, которые делают катарги и корабли». В 1677 г. был возведён ещё один контрфорс. В последнее десятилетие XVII в. была осуществлена строительная программа, связанная с именем Карпафского митрополита Неофита (Гриманиса), которая придала монастырю Иоанна Богослова современный облик. Был сооружён ещё один контрфорс (1700 г.), к кафоликону пристроен второй экзонартекс, реконструирован центральный двор – возведены четыре арки (одна в длину и три поперечные) и двухъярусный портик с аркадами, так называемая дзафара (1698 г.). Здания построены в духе родосской архитектурной школы, впитавшей многие элементы позднеготического стиля. С Родоса происходили мастера Мастростефанис, выполнявший заказы Парфения (Панкостаса), и Даниил, сын Георгия, построивший дзафару, с острова Кос – Мануил, возводивший северный контрфорс. В XVII в. в монастыре Иоанна Богослова подвизалось 150 иноков, в 1731 г. – около сотни. В практику монастыря Иоанна Богослова вошло переизбрание игумена каждые два года. Неизвестным остаётся точное время учреждения Патмосского экзархата, включающего Патмос и расположенные рядом небольшие островки: Липси, Арки, Агатонисион, Фармаконисион, Левета и Фурни (экзарху подчинены все приходы и монастыри на данной территории). Впервые Экзархат упоминается в 1715 г. в синодальном послании Константинопольского патриарха Космы III, хотя особый статус острова был установлен ещё в конце XI в. императором Алексеем I Комнином. Патмосский экзарх подчиняется непосредственно Константинопольскому патриарху. Церковная власть экзарха распространяется и на многочисленные подворья, находящиеся на территории Греции и вне её пределов.