В «Тайном завещании», составленном Христодулом 10 марта 1093 г., преподобный назначил преемником монаха Арсения Скинурия, однако тот уже длительное время отсутствовал, совершая паломничество в Иерусалим. Поэтому Христодул передал игуменство Феодосию, хартуларию и патриаршему нотарию, который в это время находился в Константинополе. 16 марта 1093 г. Христодул скончался. Назначенный им Феодосий 5 марта 1094 г. отказался от игуменства, ссылаясь на трудность жизни на пустынном острове и опасность нападений пиратов и турок. Кафигуменом стал Иосиф Иасит (1093 – до 1118 гг.). Согласно «Тайному завещанию» преподобного, его мощи были перенесены учениками на Патмос 21 октября 1094 г. По преданию, мощи Христодула, помещённые в мраморной раке в посвящённом ему приделе, благоухали (предполагается, что происходило и мироточение), пишут, что от них совершались чудеса. Позднее мощи были переложены в деревянную раку, окованную серебряными пластинами с позолотой. Эти пластины были привезены проигуменом Парфением (Хадзикостасом или Хадзикасом) из Смирны (ныне Измир, Турция) в 1796 г. Праздник перенесения мощей Христодула совершается 21 октября. Иосиф Иасит получил от императора Алексея I хрисовул о ежегодной выдаче монастырю 300 модиев пшеницы с Крита и 24 номисм. Император Иоанн II увеличил объём пшеницы до 500 модиев (1119 г.), а Мануил I (вскоре после 1143 г.) – до 700 модиев и добавил ещё 24 номисмы. В 1176 г. вместо пшеницы было решено выплачивать монастырю 2 литры золота. Монастырь Иоанна Богослова, свободный и независимый, находившийся под покровительством императора и патриарха, получил статус ставропигиального раньше 1132 г. (статус монастыря был подтверждён Константинопольским патриархом Иоанном IX Агапитом), по мнению исследователей, ещё при Константинопольском патриархе Николае III Грамматике (1084–1111 гг.). Ставропигия монастыря Иоанна Богослова подтверждалась и позднее, в связи с тем что епископы Лероса, Икарии и Коса неоднократно пытались подчинить себе монастырь. Из числа насельников монастыря Иоанна Богослова вышли несколько архиереев (например, Родосский митрополит Иоанн, автор первого Жития Христодула), среди них – патриархи Афанасий I Антиохийский (1157–1171 гг.) и Леонтий II Иерусалимский, уроженец Тивериополя (ныне Струмица, Республика Македония; кафигумен с 1157/1158 г., патриарх в 1174/1175 – 1184/1185 гг.; ум. около 1190 г.). Завещания кафигуменов монастыря Иоанна Богослова Саввы (раньше 1118 г.), Феоктиста (1157/1158 г.) и Германа (1272 г.) содержат важные исторические сведения. В конце XII в. в монастыре Иоанна Богослова подвизались около 150 монахов. Освобождение монастырских кораблей от уплаты пошлины способствовало развитию торговли.