Однако вскоре (до 1634 г.) память Игнатия была исключена из числа «нарочитых» празднований. Игнатий под 19 мая упоминается во многих святцах XVII в., в частности, в святцах Коряжемского монастыря 1621 г. (Российская государственная библиотека), в святцах 1626 г. Российской национальной библиотеки и в др. В Месяцеслове Симона (Азарьина) около середины 1650 гг. (Российская государственная библиотека) память святого отмечена дважды: под 19 мая и под 23 июня. Имя Игнатия приведено в нескольких изданиях Святцев, вышедших в Москве в 1640–1660 гг. В описи Спасо-Прилуцкого монастыря 1623 г. упоминаются отдельная икона Игнатия, а также образ Христа, Богоматери и Иоанна Предтечи: «В подножии чудотворец Дмитрей да благоверный князь Игнатей молебнии, оклады ободраны в литовской погром», среди святынь монастыря указаны вериги князя-схимника. Почитание Игнатия тесно связано с почитанием Димитрия Прилуцкого. Исследователям известна общая молитва святым (Российская национальная библиотека, конец XVII – начало XVIII вв.). В 1654 г., когда в Вологде распространялась моровая язва, Вологодский архиепископ Маркелл возглавил крестный ход в монастырь на поклонение Прилуцким чудотворцам. Спасо-Прилуцкий монастырь мог называться «домом Всемилостиваго Спаса и преподобных и богоносных отец наших Димитрия и князя Игнатия, иже на Прилуце Вологодских чудотворцев». Сохранился покров на гробницу Игнатия середины XVII в. – вклад в Спасо-Прилуцкий монастырь боярина Ильи Даниловича Милославского (Вологодский историко-архитектурный и художественный музей-заповедник). В 1882 г. над гробницами преподобных Димитрия и Игнатия были устроены медные литые сени. Несмотря на то что в XVII в. почитание Игнатия было устойчивым как в Вологде (и в близлежащих местностях), так и в Москве, общецерковной канонизации святого не было. С большой долей уверенности можно утверждать, что Игнатии И. назван в челобитной, поданной в 1690 г. игуменом вологодского в честь Сошествия Святого Духа на апостолов монастыря (Галактионовой пустыни) Авраамием, братией монастыря и вологодцами «всяких чинов» патриарху Адриану, в которой было написано: «Просияша внутрь и окрест Вологды града чудесы преподобный отец Герасим, и преподобный Галактион, и Игнатий, и мощи их нетленны, и чудеса сотворяють недугующим многая». В связи с этим вологжане просили об освидетельствовании мощей названных святых и об их общецерковном прославлении. Патриарх поручил Вологодскому архиепископу Гавриилу провести по данной челобитной расследование. В 1691 г. архиерей отправил патриарху донесение, в котором приводились краткие сведения о святых Герасиме и Галактионе (которые архиепископ Гавриил оценил как «неподлинные», написав, что об этих святых «известия совершеннаго несть»), а «о Игнатии, како поживе, и где, и что от него бысть, и где он лежит, в коем месте, ничто же писано» (исследователи предполагают, что отсутствие информации об Игнатии в ответе архиепископа Гавриила было связано с тем, что в составлении челобитной о канонизации не участвовали монахи Спасо-Прилуцкого монастыря).