Через несколько дней, после того как 5 сентября 1491 г. князь Андрей Васильевич был схвачен в Москве, его сыновья Иван и Дмитрий были арестованы в Угличе (дочери князя Андрея Евдокия и Ульяна остались на свободе). Княжичей отправили в пожизненное заключение в Переславль-Залесский, в Архангелогородском летописце отмечено, что на них «железа возложиша сентября в 22 день» (Полное собрание русских летописей). В описи архива Посольского приказа 1614 г. указана «запись целовальная 7017-го (1508/1509) году, по чему целовал князь Михайло Васильевич Шуйской, что был приставлен у князей Ондреевых детей Ивановича удельного в Переславле». В описи архива Посольского приказа 1626 г. упоминаются «тетради сторожевые княж Андреевых детей... как они сидели в тюрьме в Переяславле скованы с лета 7016 (1508) майя по лето 7022 (1514) майя по 8 число». В этом же архиве в XVII в. хранились крестоцеловальные записи переславских наместников князя Михаила Васильевича Шуйского и Василия Михайловича Заболоцкого-Чертёнка о надзоре за княжичами «по государеву указу» и «наказная память, как стеречи княж Ондреевых детей и над приставы смотрити». Документы говорят о личном постоянном надзоре великого князя Василия III Ивановича за узниками. Опись 1626 г. даёт исследователям основание предполагать, что Игнатий и его брат переводились из Переславля в другие места, возможно, в Белоозеро и в Вологду. В Житии Игнатия сообщается о трёх местах его заточения: сначала в Переславле, затем в Белоозере и, наконец, в Вологде. В заточении Игнатий провёл 30 лет, в тюрьме он увещевал младшего брата смиренно переносить страдания. Согласно Житию Игнатия, братья не разлучались до смерти старшего. Незадолго до кончины князь Иван был пострижен в схиму игуменом Спасо-Прилуцкого монастыря Мисаилом (Панкратьевым; 1510–1538 гг.). Согласно одним источникам, Игнатий преставился в 1522 г. (Полное собрание русских летописей), согласно другим – в 1523 г. (Полное собрание русских летописей). Встречающаяся в ряде списков Жития дата 7033 (1525) г. является, как полагают исследователи, следствием прочтения даты 7030 г. как 7033 г. По сообщению Жития, отпевание Игнатия совершил игумен Мисаил в Воскресенском соборе Вологды при большом стечении народа. Сразу же после кончины святого по молитвам к нему начали совершаться чудотворения. Исцелилась парализованная Александра, жившая в посаде Вологды. Услышав о кончине Игнатия, она стала призывать его в молитве и тотчас получила исцеление; на следующий день, когда выносили из темницы тело святого, она велела вести себя за гробом и, как только прикоснулась к нему, почувствовала себя здоровой.