После отпевания игумен Мисаил в сопровождении большого числа горожан перенёс тело Игнатия в Спасо-Прилуцкий монастырь и похоронил под алтарём собора в честь Происхождения честных древ Креста Господня (Всемилостивого Спаса), близ могилы Димитрия Прилуцкого. Здесь совершилось ещё одно чудо: после прикосновения к гробу Игнатия исцелился смертельно больной крестьянин Михаил из села Коровничьего (Прилуки). По повелению игумена Мисаила над могилой Игнатия была установлена каменная гробница по образцу надгробия Димитрия. Трудившийся над её изготовлением каменщик Давид из того же села во время работы сел на гробницу князя и был наказан за неблагоговейное отношение к святыне тяжкой болезнью. Давид получил исцеление на третий день после молитв к святому и смог закончить работу. Другие чудеса по молитвам к Игнатию связаны с исцелением от различных болезней жителей близлежащих селений и монаха Спасо-Прилуцкой обители Гурия. В декабре 1540 г. был освобождён из заточения в Переславле князь Дмитрий Андреевич, в 1543/1544 г. князь скончался и был похоронен около брата в соборе Спасо-Прилуцкого монастыря. Почитание Игнатия, как свидетельствуют рассказы о чудесах по молитвам к святому в его Житии, началось сразу после его кончины. В «Слове воспоминателном о святых чудотворцех, в Росии восиявших, яко о святости жития, тако и о преславных чюдесех их» старообрядческий писатель Семён Денисов характеризует основания почитания князя-схимника: «Игнатий Углецкий, незлобивый Христова Евангелия ученик, изгнание, темницы и узы от близокровных претерпевый, за многолетныя нужды многорадостное на небесех мздовоздаяние обрете» (Исторический музей. «Поморский сборник», первая половина XVIII в.). Точных данных о канонизации Игнатия у исследователей нет. В одной из редакций Угличского летописца содержится известие, по мнению исследователей, отражающее местное предание, что Игнатий был прославлен на Соборе 1551 г. по представлению Ростовского архиепископа Никандра. Считать эту информацию достоверной исследователи не могут. Служба Игнатию датируется XVI в., наиболее ранний список – в сборнике служб конца XVI в.: Исторический музей (начало: «Ныне приспе днесь святаго ти успения»). Первые буквы тропарей канона образуют акростих: «Господи Боже, помилу(й) Илию». Исследователи предполагают, что автором канона был книжник круга митрополита Макария Илия. Тропарь (начало: «В житии своем многи скорби претерпел еси») и кондак (начало: «Изрядная отрасль благочестиваго корене, дивный благородия цвет») святому впервые опубликованы в Святцах с летописью (М., 1646 г.). Едва ли не самым ранним свидетельством общерусского почитания Игнатия является запись в Уставе служб московского Успенского собора, составленном по распоряжению патриарха Филарета в 1621 г., о праздновании памяти преподобного (названного «новым чудотворцем») 19 мая – «аще волит настоятель».