Уже в XVII в. его принадлежность Иоанну Зонаре считалась сомнительной. В дальнейшем на основе различных рукописей «Лексикона...» предлагалось атрибутировать его как Иоанну Зонаре, так и некоему монаху Антонию, либо Никифору Влеммиду. Исследователи не сомневаются, что у Иоанна Зонары были способности лексикографа (в толкованиях к канонам он постоянно разъясняет смысл отдельных слов); в «Лексиконе...» к тому же встречаются цитаты из его произведений, в том числе из комментариев на каноны. Предпринятый недавно наряду с уточнением датировки «Лексикона...» (вторая половина XII в.) сравнительный анализ памятника и сочинений Иоанна Зонары даёт исследователям основание полагать, что он вполне мог быть составителем этого пространного толкового словаря. Для издания канонов с толкованиями Иоанна Зонары и Феодора Вальсамона Беверегий использовал семь рукописей. При этом текст комментариев Иоанна Зонары был установлен наименее достоверно, т.к. «у Беверегия… не было ни одной свободной от искажений рукописи Зонары и его единственным источником для публикации Зонары были парижские издания 1618… и 1622 гг.». В двух рукописях содержатся толкования Иоанна Зонары, но эти рукописи являются достаточно поздними, а вторая из них к тому же неполная. В рукописи XV в. (датировка Владимира Николаевича Бенешевича – XVI в.) есть комментарии Иоанна Зонары только к Апостольским правилам. При подготовке издания толкований Иоанна Зонары в Афинской синтагме был дополнительно привлечён список известной Трапезундской рукописи 1311 г., созданный в 1779 г. Благодаря сравнению с ним в Афинской синтагме был сделан ряд добавлений (например, опубликованы ранее не изданные толкования Иоанна Зонары на каноны Григория Нисского) и конъектур в тексте канонов и толкований. При публикации канонов с толкованиями в PG текст Беверегия, по словам издателя, был сопоставлен с Афинской синтагмой, однако, по мнению исследователей, фактически этого сделано не было. Между тем количество рукописей с толкованиями Иоанна Зонары весьма велико (около сотни, если не учитывать славянские переводы). В.Н. Бенешевич, составив список выявленных им рукописей памятников византийского права, перечислил в отдельной рубрике 83 рукописи, содержащие комментарии Иоанна Зонары к канонам, и ещё десять, где есть комментарии Иоанна Зонары и Феодора Вальсамона. В рукописях текст комментариев Иоанна Зонары может существенно отличаться от опубликованного. Существует большое число рукописей с толкованиями одного Иоанна Зонары (иногда в них также содержатся толкования Феодора Вальсамона к отдельным святоотеческим канонам, не прокомментированным Иоанном Зонарой).