Сюда исследователи относят, прежде всего, рукописи «Номоканона XIV титулов» своеобразного вида, где систематическая часть (титулы) оставлена без толкований (и в большинстве случаев не содержит цитат из законов), а собрание канонов приведено с толкованиями Иоанна Зонары. Эту структуру В.Н. Бенешевич считает типичной. Таковы, например, рукописи XIV–XV вв., где на поле первого листа даже сделана пометка: «Номоканон с толкованиями Зонары». Основной же раздел, датируемый 1359 г., представляет собой систематическую часть «Номоканона», комментарии Иоанна Зонары к канонам и подборку семейно-правовых норм из разных источников. В рукописном сборнике, содержащем комментарии Иоанна Зонары, «титулы» могут отсутствовать, и тогда его ядром становится вторая часть «Номоканона» – собрание канонов (иногда вся рукопись состоит из канонов с толкованиями Иоанна Зонары). Иногда комментарии Иоанна Зонары присоединяются к сокращённому тексту канонов, наподобие комментариев Алексия Аристина, или к канонам в составе «Алфавитной синтагмы» Матфея Властаря. К толкованиям Иоанна Зонары на каноны не позднее XIV в. начали составляться индексы. Они есть в рукописях XIII в., но индексы были написаны в XIV в. Последняя рукопись интересна исследователям также тем, что содержит канонические послания святителей Дионисия Александрийского, Григория Неокесарийского, Афанасия Великого и Василия Великого без толкований Иоанна Зонары, хотя практически во всех остальных рукописях такие толкования сохранились. Таким образом, отсутствие в каком-либо манускрипте Иоанна Зонары его толкований к определённым канонам отцов церкви не может считаться доказательством того, что он вообще не комментировал эти каноны. Помимо индексов, комментарии Иоанна Зонары могли снабжаться маргиналиями. Их много в рукописях XIII–XIV вв. (одна рукопись примечательна также своей структурой: в первой части находятся каноны с комментариями Иоанна Зонары, а далее – комментарии Феодора Вальсамона и другие юридические и богословские сочинения). При этом текст канонов и толкований не всегда чётко разграничен, а некоторые толкования, опубликованное под именем Феодора Вальсамона, помещены здесь среди толкований Иоанна Зонары. Многочисленные маргиналии встречаются в рукописи XVI в., которая содержит правила Соборов с комментариями Иоанна Зонары и Феодора Вальсамона. В рукописи XVI в. толкованиям Иоанна Зонары предшествуют помимо различных юридических статей трактат Иоанна Зонары о браке и ряд постановлений о запрещённых браках. Под его именем в данной рукописи помещены толкования на каноны Тимофея, Феофила и Кирилла Александрийских и некоторые других, атрибутируемые в издании Беверегия и в Афинской синтагме Феодору Вальсамону.