Трактат Иоанна Зонары о браке есть также в рукописи XIII в. После трактата помещены «том Сисиния» и другие семейно-правовые акты. Основная же часть рукописи содержит предисловие и титулы «Номоканона» и тексты канонов с толкованиями Иоанна Зонары. Второй трактат Иоанна Зонары (о «естественном истечении») присутствует в рукописях XVI в. и XIV в. (последняя рукопись интересна исследователям тем, что в ней находится «Алфавитная синтагма» Матфея Властаря, где каноны снабжены толкованиями Иоанна Зонары и Феодора Вальсамона). В рукописи XIV–XV вв. (датировка В.Н. Бенешевича – 1322 г.) «Алфавитная синтагма» Матфея Властаря помещена отдельно от толкований Иоанна Зонары, Феодора Вальсамона и Алексия Аристина. Толкования Иоанна Зонары на каноны не всегда содержатся в рукописях в полном объёме. Так, в рукописи Исторического музея, вторая половина XIII в., толкования начинаются с Апост. 85; в рукописи XIII в. толкования обрываются на Неокес. 8, в рукописи конца XVI в. – на правила Трулльского собора; в рукописи XIII в. толкования начинаются с Анкир. 18 и оканчиваются на правилах Петра Александрийского. Встречаются также отрывки различного размера из комментариев, причём в рукописях разного содержания. Иногда отдельные комментарии приводятся в виде выдержек или резюме. Структура рукописей, содержащих одновременно комментарии Иоанна Зонары и Феодора Вальсамона, постепенно изменялась. В рукописях XIII в., как правило, толкования двух канонистов помещаются отдельными блоками, а не соединяются при каждом каноне. Примером этого является рукопись XIII в., где есть толкования Феодора Вальсамона. Но уже в конце XIII в. их комментарии начинают постепенно соединяться. Так, в рукописи 1288 г. большинство канонов снабжено толкованиями Феодора Вальсамона, однако отдельные каноны помещены с толкованиями Иоанна Зонары и Феодора Вальсамона. В рукописях XIV в. тоже встречается частичное соединение толкований. Но в то же время наблюдается и полное соединение двух комментариев. Для более поздних рукописей полное последовательное соединение комментариев, когда каждый канон сопровождается толкованиями обоих канонистов, становится обычным. В славянских странах, где многие церковно-правовые сборники (в частности, покаянные номоканоны) приписывались Иоанну Зонаре, имя канониста постепенно превратилось в название сборников, которые стали именоваться «Зонар» или «Зинар». Сходное использование имени Иоанна Зонары исследователи наблюдают и в греческих рукописях. Своеобразие Иоанна Зонары как юриста состоит в том, что его сочинения не связаны непосредственно с правовой практикой. Он не составлял и не редактировал сборники законодательства или судебных решений (в отличие, например, от Константинопольского патриарха Фотия I или от создателя «Пиры»), не давал канонических ответов, как Феодор Вальсамон и другие поздневизантийские авторы.