Комментарии к канонам Иоанн Зонара писал для развития науки и для «просвещения народа», как видно из его предисловия к этому труду, тогда как аналогичные комментарии Алексия Аристина и Феодора Вальсамона создавались для нужд правоприменительной практики. Юридические трактаты Иоанна Зонары представляют собой моделирование интересовавших его правовых коллизий, а не исследование реальных судебных или административных казусов. Кроме того, Иоанн Зонара занимался (в отличие от Никона Черногорца) собственно церковной юриспруденцией, а не практическими вопросами организации монастырской жизни и богослужения, лишь косвенно связанными с правом. По сути, за всю историю Византии Иоанн Зонара был единственным учёным (в современном понимании) в области церковного права. Правовые явления для него были предметом теоретического анализа, а не истолкования, преследующего утилитарные цели. Приёмы, которыми Иоанн Зонара пользовался в своей работе, предвосхищают основные методы современной юридической науки. Иоанн Зонара старался рассматривать канонические нормы в историческом контексте. Он составил краткие исторические справки о вселенских и поместных Соборах, поместив их перед комментариями к правилам соответствующих Соборов. Истолковывая конкретные правила, Иоанн Зонара даёт пояснения о причинах их издания, об истории упоминаемых в них правовых институтов (например, сообщает об исторических изменениях в правовом регулировании брачных отношений). В толковании на Васил. 91 Иоанн Зонара обратил внимание на то, что Василий Великий в числе других неписаных обычаев называет троекратное погружение при крещении. Если все остальные упомянутые им обычаи действительно не были зафиксированы письменно, то порядок крещения закреплён в Апост. 50. Поэтому Иоанн Зонара «удивляется», «каким образом святой сказал, что и это является неписаным преданием; ибо нельзя думать, чтобы правило оставалось ему неизвестным». Таким образом, Иоанн Зонара, считавший несомненной древность Апостольских правил, невольно привёл один из аргументов в пользу их более позднего происхождения. Иоанну Зонаре присущ системный подход к толкованию канонических норм. Он подробно рассматривает противоречия между разными канонами, исходя из предположения о непротиворечивости канонов, основанных на общих правовых принципах. Когда противоречие всё же имеет место, Иоанн Зонара считает, что должна действовать норма, принятая позднее (по правилу «lex posterior derogat priori») или содержащаяся в источниках большей юридической силы (правила вселенских Соборов имеют приоритет перед правилами поместных Соборов и т.д.).