Применение формально-юридического метода сближает Иоанна Зонару с византийскими светскими юристами его времени. Он обращает пристальное внимание на юридическую технику канонов, уточняя значение грамматических и синтаксических конструкций, указывая цитируемые в канонах источники, разъясняя этимологию и смысл различных слов и выражений (такие разъяснения имеются в комментариях более чем к 170 канонам). В ряде толкований на каноны, где встречаются транслитерированные по-гречески латинские слова Иоанн Зонара отмечает латинское происхождение этих слов и объясняет их значение (возможно, для этого он пользовался распространенными в Византии латинско-греческими словарями юридических терминов). Будучи приверженцем принципа законности, Иоанн Зонара неоднократно критикует современную ему практику, противоречащую каноническим нормам: отсутствие регулярных церковных Соборов, мирские занятия священнослужителей, присутствие клириков на браках двоеженцев и т.д. В этом проявляется также его традиционализм и уважение к старинным правовым нормам. Иоанн Зонара не рассматривает вопрос о соотношении канонов и государственного законодательства, однако в конкретных случаях ссылается на нормы императорских законов в подтверждение своей аргументации. Так, в комментариях к канонам Иоанна Зонары исследователи насчитали 36 цитат и ссылок на законы, а именно на «Василики» (иногда Иоанн Зонара ссылается на новеллу Алексея Комнина). Как полагают исследователи, Иоанн Зонара редко (по сравнению с Феодором Вальсамоном) обращался к государственным законам из-за своих оппозиционных настроений по отношению к императорской власти. Для него характерна положительная оценка брака и семьи (включая половые отношения) при сохранении почтительного отношения к девственной жизни и монашеству. В каноне Божьей Матери Иоанн Зонара, обличая некоторые ереси, ставит им в вину негативное отношение к браку. Он допускал расторжение брака по инициативе жены в случае плохого обращения с ней мужа: в такой ситуации жена, оставив мужа и вступив в новый брак, не подлежит церковным санкциям, а её прежний муж должен быть наказан. С другой стороны, у Иоанна Зонары сохраняется представление о подчинённом положении жены по отношению к мужу. Подобное сочетание прогрессивных идей с традиционными воззрениями типично для правосознания Иоанна Зонары.