Социально-политические взгляды Иоанна Зонары в целом обусловлены его принадлежностью к византийской гражданской знати. Он осуждает Алексея Комнина и других императоров за тираническое правление и ущемление прав синклита, за бесконтрольное распоряжение государственной казной. В отличие от Феодора Вальсамона Иоанн Зонара не считает, что император вправе вмешиваться в церковные дела. В то же время, отстаивая интересы имущих классов и пренебрежительно относясь к «черни», требует с точки зрения формально понимаемой справедливости беспрепятственного взыскания долгов с бедняков и ограничения социальной политики государства. Однако свойственные Иоанну Зонаре гуманистические установки (см. толкование на Неокес. 9: «Лучше оставлять грехи ненаказанными, чем наказывать кого-либо без вины») делают его социально-политическую позицию неоднозначной. Если в толковании на Гангр. 3 он отмечает, что рабы обязаны повиноваться своим господам, то, комментируя Петр. Ал. 7, Иоанн Зонара признаёт, что рабы и их хозяева равны перед Богом, и что господа, принудившие рабов к греховным поступкам, должны наказываться строже, чем эти рабы. В комментарии к Лаодик. 29 Иоанн Зонара поддерживает светского законодателя, который позволяет крестьянам работать в воскресенье, т.к. в противном случае крестьяне понесли бы убытки. Иоанн Зонара считает, что это дозволение не противоречит церковному требованию о праздновании воскресного дня. Канонический комментарий Иоанна Зонары вскоре после его написания стал восприниматься как необходимый элемент второй части «Номоканона XIV титулов». В анонимной схолии на Трул. 2 (не раньше XIII в.) рекомендуется «употреблять Номоканон… истолкованный Зонарой и… патриархом Антиохийским (Феодором Вальсамоном)». Поздневизантийские юристы высоко ценили Иоанна Зонару и постоянно обращались к его юридическим сочинениям при создании собственных трудов. Феодор Вальсамон и Матфей Властарь называют Иоанна Зонару «превосходнейшим». Комментарии Иоанна Зонары широко использовались Феодором Вальсамоном при подготовке аналогичного труда. Перечни толкований Феодора Вальсамона с различными вариантами заимствований у Иоанна Зонары (сплошное цитирование, повторение библейских цитат, ссылок на каноны и т.д.) составлены Михаилом Егоровичем Красноженом (всего около 200 толкований). Им же проанализированы немногочисленные комментарии, где Феодор Вальсамон дополняет или улучшает объяснения Иоанна Зонары либо критикует их.