В сентябре 1503 г. Иван III Васильевич с детьми отправился в двухмесячную поездку на богомолье, которая началась с посещения Троице-Сергиева монастыря. По свидетельству Степенной книги, поездка далась великому князю с большим трудом («яко и ногами своими едва ходити можаше» – Полное собрание русских летописей). Однако последующие действия Ивана III Васильевича показывают, что он хотел нанести ущерб хотя бы некоторым из тех лиц, кто препятствовали осуществлению его планов. Летом 1504 г. был задержан и смещён с Новгородской кафедры Геннадий, обвинённый в том, что брал плату за поставление в нарушение соборного приговора 1503 г.; посланцы великого князя и митрополита «владыку Генадия взяли, и казну попечатали, и поехали в Москву» (Полное собрание русских летописей). В марте 1504 г. от имени Ивана III Васильевича митрополиту Симону были даны жалованные грамоты на основные владения митрополичьего дома, фактически отменившие значительные податные привилегии, которыми эти владения пользовались раньше. Хотя вопрос о передаче церковной собственности великому князю отпал, духовенство было недовольно тем, что обещания Ивана III Васильевича об «обыске» еретиков не были выполнены. Выразителем этого настроения стал Иосиф Волоцкий. Не позднее лета 1504 г. он обратился с посланием к духовнику великого князя Митрофану, настаивая, чтобы великий князь выполнил свои обещания, иначе «прощение», данное ему митрополитом и архиереями, не будет иметь законной силы. Этот шаг, которому, как полагают исследователи, сопутствовали и другие действия, способствовал тому, что в декабре 1504 г. был созван церковный Собор, на котором присутствовали Иван III Васильевич и великий князь Василий Иванович. Еретики были осуждены, некоторые, как отступники от православия, были приговорены к смертной казни и сожжены, другие (по-видимому, покаявшиеся) были отправлены в заточение, в частности, в монастыри. Один из осуждённых, С. Кленов, был отправлен в Иосифоволоцкий монастырь. Это вызвало недовольство волоцкого игумена, который в письме к Ивану III Васильевичу указывал, что в Священном Писании не сказано о том, что еретиков следует посылать на покаяние в монастыри; тем из них, кто покаялись лишь под угрозой казни, место не в монастырях, а в тюрьме. Содержание и тон письма ясно показывают, как изменился к концу правления Ивана III Васильевича характер его отношений с духовными лицами. 27 октября 1505 г. великий князь скончался, а в январе следующего года на главные русские кафедры были поставлены представители духовенства, сопротивлявшиеся политике великого князя: Новгородскую кафедру занял игумен Троице-Сергиева монастыря Серапион, которого прославляли в духовной среде за смелое противостояние Ивану III Васильевичу на Соборе 1503 г., Ростовским архиепископом стал брат Иосифа Волоцкого Вассиан II (Санин).