В начавшейся в 1499 г. войне с Литвой Иван III Васильевич выступал как защитник православного населения от попыток обратить его в католичество. В этой войне проявилось и враждебное отношение московского правителя к духовенству Киевской митрополии: Брянский епископ был арестован и отвезён в Москву. Скупость летописных известий второй половины 1490 гг. не позволяет исследователям в полной мере судить о характере отношений Ивана III Васильевича и русского духовенства в эти годы. Исключением является известие под 1497 г. о том, как великий князь тайно каялся перед митрополитом и другими иерархами, что по неосторожности содействовал смерти своего заключённого в тюрьму брата Андрея (Полное собрание русских летописей отмечает, что ростовский владычный летописец отметил: ранее, опровергая слухи, что он хочет арестовать своего брата Андрея, Иван III Васильевич поклялся митрополиту «небом, и землёю, и Богом сильным, отцом всея твари»). Осенью 1495 г. Иван III Васильевич посетил Великий Новгород, архиепископ Геннадий торжественно встретил его при въезде в город, великий князь молился за литургией в Софийском соборе и «ел» у архиепископа. Эти действия имели этикетный характер, Иван III Васильевич не собирался отступать от намеченной им политики в отношении церкви. После образования в 1499 г. Новгородского княжества, пожалованного Иваном III Васильевичем сыну Василию (его кандидатура была поддержана архиепископом Геннадием), последовала выдача от имени Ивана III Васильевича и Василия Ивановича жалованных грамот новгородским монастырям, по которым они освобождались от суда архиепископа и подчинялись судебной власти великокняжеских наместников. В 1499 г. Иван III Васильевич «по благословению Симона митрополита... поимал... в Новгороде Великом церковные земли за себе, владычни и монастырские, и роздал детем бояр(ским) в поместье» (Иоасафовская летопись). Изучение первого описания Деревской пятины показало исследователям достоверность этого известия. За данным шагом стояли более широкие планы, обнаружившиеся при созыве в Москве в 1503 г. церковного Собора. Исследователи говорят о некоторых мерах, принятых Иваном III Васильевичем в связи с подготовкой Собора. Так, в 1502 г. на вакантные Коломенскую и Пермскую кафедры были поставлены соответственно Никон, игумен Павлова Обнорского во имя Святой Троицы монастыря, и Никон, игумен Глушицкого в честь Покрова Пресвятой Богородицы монастыря. По мнению исследователей, противоречившее обычной практике назначение на епископские кафедры настоятелей небогатых северных монастырей свидетельствуют о том, что Иван III Васильевич хотел повлиять в нужном для него направлении на состав епископата.