Созыву Собора предшествовал разрыв связей между Иваном III Васильевичем и жидовствующими. Сведения об этом содержатся в письме Иосифа Волоцкого духовнику Ивана III Васильевича архимандриту Андроникова в честь Нерукотворного образа Спасителя мужского монастыря Митрофану. Из письма следует, что при посещении Иосифом в апреле 1502 г. Москвы великий князь признался ему, что «ведал» учение еретиков и просил его простить, сказав: «А митрополит и владыки простили мя». На следующей встрече с Иосифом, состоявшейся до Пасхи 1503 г., великий князь обещал организовать «обыск» еретиков по городам. На Соборе, который начался летом 1503 г., присутствовал Иван III Васильевич с сыновьями и приближёнными. Великий князь «восхоте у митрополита, и у всех владык, и у всех монастырей села поимати», а им на содержание должны были выдаваться средства из великокняжеской казны. Утратив земельные владения, церковь оказалась бы в полной зависимости от великокняжеской власти, и настойчивые попытки Ивана III Васильевича подчинить церковь своему влиянию получили бы логическое завершение. Когда на Соборе против этих планов выступил архиепископ Геннадий, великий князь «многим лаянием уста его загради». С началом обсуждения вопроса о церковном землевладении на Соборе 1503 г. совпал конфликт Ивана III Васильевича с Троице-Сергиевым монастырём по поводу села Илемна (Троицкого). Вмешавшись в спор между монастырём и соседними крестьянами, великий князь потребовал представить ему все грамоты на монастырские сёла. В ответ троицкий игумен Серапион отправил с грамотами «старых старцев, которые из келий не исходят». Действуя так, Иван III Васильевич, по мнению исследователей, хотел продемонстрировать участникам Собора жёсткость своей позиции, но в ответ духовенство сплотилось перед лицом грозившей церкви опасности. Правда, на Соборе от влиятельной группы севернорусского монашества выступил Нил Сорский с предложением, «чтобы у монастырей сёл не было, а жили бы чернцы по пустыням, а кормилися рукодельем», но это предложение значительно расходилось с тем, что предлагал великий князь. Письменный отрицательный ответ Собора на инициативы Ивана III Васильевича был отправлен ему с митрополичьим дьяком Левашом. Когда великого князя этот ответ не удовлетворил, к нему направился с новым ответом митрополит со всеми участниками Собора. Несмотря на давление со стороны правителя, участники Собора не пошли на уступки: «Доныне святители и монастыри земли держали и держат, а отдавати их не смеют и не благоволят». 28 июля 1503 г. великий князь внезапно тяжело заболел – «отняло у него руку, ногу и глаз». После этого Собор проходил, вероятно, без участия Ивана III Васильевича. Болезнь была воспринята правителем, по-видимому, как Божья кара.