В те же годы в Москве существовал кружок еретиков, обративший в свою ересь Елену Стефановну, вдову старшего сына Ивана III Васильевича Ивана Ивановича, и пользовавшийся покровительством как самого великого князя, так и, согласно Иосифу Волоцкому, митрополита Зосимы – ставленника великого князя на митрополичьей кафедре. Деятельность еретиков вызывала враждебное отношение со стороны духовенства не только к митрополиту Зосиме, но и к Ивану III Васильевичу. Таким настроениям способствовало развернувшееся в середине 1480 гг. в Москве большое строительство, которое было связано с превращением Кремля из «города» в укреплённую резиденцию правителя. Значительная часть прежнего населения была вынуждена покинуть Кремль, вследствие чего оттуда, по-видимому, были вынесены приходские храмы; одновременно, как думают исследователи, переносили на новые места и храмы, стоявшие у стен Кремля. Недовольство церковных кругов, которое нашло выражение в послании архиепископа Геннадия митрополиту Зосиме 1490 г., вызвало то обстоятельство, что места, на которых раньше стояли церкви, не были огорожены. Кроме того, вызывало протест и устройство сада на месте одного из кладбищ, хотя перед этим останки были перенесены в другое место. Великий князь не считался с мнением духовенства в этом вопросе. Так, в 1493 г. по его повелению «церкви сносиша и дворы за Неглинною» (Полное собрание русских летописей), а в 1495 г. «князь великыи повеле сносить церкви и дворы за реку Москву против города и на тех местех повеле чинити сад» (Полное собрание русских летописей). В 1490 гг. главным выразителем враждебных по отношению к великому князю настроений стал Иосиф Волоцкий. В послании Суздальскому епископу Нифонту, резко обличая «злобесного волка», занявшего митрополичий стол (Зосиму), он призывал епископа последовать примеру Константинопольских патриархов Германа I и Никифора I, которые отстаивали православное учение перед иконоборческими императорами. Зосима в 1494 г. оставил кафедру, по некоторым летописным известиям, «не по своей воле» (его «сослал» с кафедры великий князь), но никаким наказаниям он не подвергся, жил на покое в Симоновом, затем в Троице-Сергиевом монастыре, не были также приняты меры против еретиков. 20 сентября 1495 г., после достаточно долгого перерыва, митрополитом был поставлен игумен Троице-Сергиева монастыря Симон. В связи с еретиками его не обвиняли, но и о его выступлениях против жидовствующих исследователям неизвестно. В отношениях с Великим княжеством Литовским Иван III Васильевич выступал как защитник православия. От своей дочери Елены, которая вышла замуж за Литовского великого князя Александра Ягеллончика в 1495 г., он требовал сохранить верность православию, а от её мужа добивался, чтобы тот построил для супруги православный храм в столице Литвы Вильно.