В таком случае Иоанну II исследователи готовы приписать только открытие или, вероятнее, возобновление епископств в Ростове в 1075/1076 г. и поставление на Ростовскую кафедру Леонтия, для чего было необходимо вывести Ростовскую волость из состава Переяславской митрополии и соответственно из владений Переяславского князя Всеволода Ярославича. Это показывает высокую степень взаимопонимания и сотрудничества церковной и княжеской власти в правление Иоанна II, причём в данном случае, видимо, в интересах церкви, т.к. удалённая Ростовская волость явно нуждалась в архиерейском надзоре, тогда как князь Всеволод вряд ли был сильно заинтересован в приобретении Турова, который он получил в обмен на Ростов. Кроме упомянутых Леонтия и Исаии Ростовских ставленниками Иоанна II были Новгородский епископ Герман (около 1078 г.), Черниговский епископ Иоанн (около 1085/1086 г.), а также, как полагают исследователи, Белгородский епископ Лука и Владимиро-Волынский епископ Стефан. «Повесть временных лет…» сохранила сведения об освящении Иоанном II некоторых церквей: Михайловского собора в киевском Выдубицком Всеволоже во имя архангела Михаила монастыре (1088 г.) и Успенского собора в Киево-Печерском монастыре (1089 г.). В Киево-Печерском патерике (первая треть XIII в.) рассказывается о том, что освящение Успенского собора сопровождалось многими чудесными событиями. Долго не удавалось найти мастера, который изготовил бы для храма каменную «трапезу», Иоанн II же не давал благословения на устроение «в такой великой церкви» деревянного престола. 13 августа у алтарной преграды собора монахи нашли необъяснимым образом появившуюся там «дъску камену положену и столпцы на строение трапезе». Об этом сообщили митрополиту, и тот повелел на следующий день освятить храм. 14 августа в Киево-Печерский монастырь прибыли Исаия Ростовский, епископы Иоанн Черниговский, Лука Белгородский и Антоний Юрьевский, извещённые ангелами о сослужении митрополиту. Иоанн II возглавил освящение Успенского собора, во время которого совершились «великие чудеса». Киевский летописец 1090 гг. в посмертной похвале Иоанну II вполне разделяет оценку почившего его племянником Феодором Продромом как «искусного в слове»: митрополит был «муж хытр книгам и ученью, милостив убогым и вдовицям, ласков же ко всякому богату и убогу, смерен же и кроток, молчалив, речист же книгами святыми, утешая печальныя, и сякого не бысть преже на Руси, ни по нем не будет сяк» (Полное собрание русских летописей). Древнерусская традиция приписывает Иоанну II несколько сочинений. Из достоверно принадлежащих ему относительно хорошо датируется послание к Римскому антипапе Клименту III – около 1085/1086 г. (датировку послания 1088/1089 г. исследователи считают несостоятельной).