Часто посещая лекции профессоров, Иннокентий внимательно следил за преподаванием, под его влиянием в Киевской духовной академии сложилась сильная академическая корпорация. Иннокентий давал студентам темы сочинений (большей частью исторические), некоторые из сочинений перерабатывал и издавал; поощрял занятия студентов естественной историей, астрономией и другими науками. Лучших студентов убеждал принимать монашеский постриг. Заботился о внутреннем и внешнем устройстве Киевской духовной академии: обновил старый академический корпус, усовершенствовал больницу, распорядился насадить аллеи в академическом саду, обогатил физический кабинет, пополнил библиотеку, улучшил качество питания и одежды студентов; установил традицию ежегодно 31 декабря, в день кончины Киевского митрополита Петра (Могилы), поминать всех сотрудников и благотворителей академии, украсил академический зал портретами знаменитых учёных; старался расширить научные связи академии, переписывался с учёными Санкт-Петербурга, Варшавы, Дерпта и др. Для «литературного общения академии с духовными писателями» Иннокентий с 1834 г. хлопотал об основании журнала Киевской духовной академии, предполагая назвать его «Благовестник», но не получил тогда поддержки митрополита Филарета (Дроздова). В 1837 г. Иннокентий основал при академии журнал «Воскресное чтение», в котором печатались многие его проповеди и статьи без подписи. Стремясь к усовершенствованию книжного дела, безуспешно пытался добиться открытия академической типографии и учреждения в Киеве духовной цензуры. Обращал внимание на развитие проповедничества среди наставников и студентов Киевской духовной академии, требовал, чтобы студенты читали проповеди в киевском Златоверхом во имя архангела Михаила монастыре. Знакомил их с текстами французского проповедников, в том числе Жака Сорена. Объяснял, что сила проповеди не «в тонком умствовании» и «красной фразе», а в силе убеждения и желания проповедника проникнуться своим призванием, требующим благоговейного и молитвенного настроения и искренней ревности о славе Божьей и благе ближнего. Иннокентий активно содействовал благоустройству Киевского университета св. Владимира (открыт в 1834 г.), в период его временного закрытия (1838–1839 гг.) хлопотал о возобновлении занятий. С ректором университета Михаилом Александровичем Максимовичем его связывала дружба. Иннокентий направлял в университет профессоров из Киевской духовной академии: протоиерея Ивана Михайловича Скворцова – на кафедру церковной истории и церковного права, О.М. Новицкого – на кафедру философии; стремился сблизить профессоров университета с академической корпорацией, часто собирая их вместе у себя.