По примеру афонского пустынножительства Иннокентий предлагал поселить в этих местах по одному монаху и несколько «не постриженных в монашество, но истинно монашеской жизни старцев» и составить из них единое иноческое братство с центром в Бахчисарайском Успенском скиту, «прочие же священные места с их церквами и часовнями будут почитаться его отраслями, под названием киновий». Иннокентий наметил и круг занятий братии: собирание исторических преданий, описание древностей, писание икон, приём странников, собирание целебных трав и оказание помощи больным, разведение винограда, смокв и проч. Указом Синода от 4 мая 1850 г. ему было разрешено открытие Бахчисарайского Успенского скита с киновиями. 15 августа того же года состоялись торжественный крестный ход из Бахчисарая в Успенский скит и освящение скита. Иннокентий лично заботился о привлечении в скит истинных подвижников, назначил настоятелем архимандрита Поликарпа. На первоначальное обустройство скита выделил 8 тыс. руб., а всего на восстановление крымских обителей – до 60 тыс. руб. из личных средств, предлагал основать капитал, на проценты с которого будет существовать Таврическое братство; составил описание скита. В конце 1851 г. Иннокентий писал, что «пустынножительство Таврическое» уже состоялось, но для его развития требуются многие десятилетия. Главной проблемой была нехватка людей, способных вынести тяготы ещё не обустроенной монашеской жизни. Тогда же Иннокентий представил Синоду ходатайство о передаче «священных развалин» Херсонеса и Инкермана из ведения Морского министерства в ведение епархии для устройства новых киновий. Первоначально намеревался построить на развалинах одной из четырёх церквей в Херсонесе церковь равноапостольного князя Владимира и в 1852 г. составил проект в стиле византийских базилик IX в., однако был выстроен только небольшой храм с кельями, которые Иннокентий освятил 28 февраля 1853 г., и открыта Херсонесская киновия (во время Крымской войны храм и кельи были разрушены). Также Иннокентий учредил в Крыму Инкерманскую, Катерлезскую, Кизилташскую и Космодамиановскую киновии, составил для Николая I по его поручению описание «О крымском источнике святых Козмы и Дамиана». Иннокентий часто посещал Космодамиановское урочище; храм, гостиницы для богомольцев и кельи для братии были выстроены в 1857 г. В патриаршем архиве в Константинополе, в монастырях Анатолии, в Ватикане, в Вене и других местах Иннокентий собирал сведения о храмах и монастырях, существовавших в Крыму, материалы для Житий Крымских святых. В 1852 г. был создан Духовно-учёный комитет для описания Одесской епархии. Иннокентий распорядился, чтобы в каждой церкви была составлена её история и затем велась летопись. По его настоянию в 1853 г. в Херсонесе были начаты раскопки графом Алексеем Сергеевичем Уваровым, который подробно информировал Иннокентия об их ходе.