С началом Великой Отечественной войны на территории СССР находилось несколько иезуитов, служивших капелланами в немецких и итальянских войсках. С 1943 г. бывший итальянский капеллан иезуит Пьетро Леони служил в католическом приходе Одессы, в 1945 г. был арестован и приговорён к десяти годам исправительно-трудовых лагерей в Воркуте. После освобождения в 1955 г. Пьетро Леони отбыл в Рим, где издал сочинение «Ватиканский шпион». В 1942 г. в плену оказался итальянский иезуит армянского происхождения Пьер Аладжани (освобождён в 1954 г.), также написавший книгу воспоминаний о советских лагерях «Мои тюремные годы в советском рае». В 1945–1946 гг. в католических приходах Москвы и Ленинграда служил иезуит Ш. Буржуа, освобождённый в Эстонии советскими войсками из немецкого заключения. С начала 1920 гг. иезуиты организовывали различные структуры для работы с русскими эмигрантами. В 1921 г. французский иезуит Луи Бай и польский иезуит русского происхождения Станислав Тышкевич создали в Константинополе общежитие для обратившихся в католичество и школу-интернат св. Георгия для мальчиков, которая в 1923 г. была переведена в город Намюр (Бельгия), а в 1946–1969 гг. находилась в Мёдоне (близ Парижа). В 1922 г. французский иезуит Альбер Валансен проповедовал идеи воссоединения церквей среди русских студентов в Лионе, где в 1923 г. Станислав Тышкевич организовал общество Иоанна Златоуста (с 1925 г. действовало в Париже), издававшее журнал «Вера и Родина». В журнале публиковались полемические статьи, содержавшие критику православного вероучения. Иезуиты оказывали финансовую поддержку некоторым благотворительным организациям, в том числе «L'union française d'aide aux russes» («Французское объединение помощи русским»), в работе которой участвовал французский иезуит пресвитер Филипп де Режис. В 1944 г. стараниями французского иезуита пресвитера Поля Майе в Париже открылись приют для девочек и институт св. Ольги. С конца 1920 гг. в центрах русской эмиграции в Китае (Харбин, Шанхай) работали пресвитеры-иезуиты Венделин Яворка и Фредерик Уилкок. После Второй мировой войны Фредерик Уилкок и другие иезуиты активно оказывали помощь в эвакуации русских эмигрантов из Шанхая, в организации временного лагеря Тубабао на Филиппинских островах и последующем выезде беженцев в США, Южную Америку и Австралию. В 1950 г. Фредерик Уилкок открыл Русский центр по изучению христианского Востока при Фордемском католическом университете в Нью-Йорке. В 1954 г. воспитанник школы-интерната св. Георгия и выпускник Russicum иезуит пресвитер Андрей Урусов создал при католическом приходе Фатимской Божьей Матери в Сан-Франциско Центр русской духовной культуры.