В указе особо отмечалось, что иезуиты «стали порученных им юношей и некоторых лиц из слабейшего женского пола отвлекать от нашего и прельщать в своё вероисповедание». 22 декабря все иезуиты из Санкт-Петербурга и Москвы были отправлены в Полоцк. Несмотря на неоднократные просьбы Тадеуша Бжозовского об отъезде в Рим и ввиду отказа предоставить ему гарантии возвращения в Россию он был вынужден оставаться в Полоцке. После его смерти (5 февраля 1820 г.) император подписал указ Сената о высылке иезуитов из Российской империи (13 марта 1820 г.), при этом Полоцкая академия и коллегии иезуитов упразднялись, а их имущество и владения подлежали конфискации и были переданы в казну. Многие из высланных иезуитов прибыли в Лемберг (ныне Львов), где 10 июня получили разрешение австрийского императора Франца I остаться в Галиции и продолжать пастырскую и педагогическую деятельность. В середине XIX в. интерес к России со стороны иезуитов был возобновлён принятием в орден перешедших в католичество русских подданных иезуитов Ивана Сергеевича Гагарина (в 1843 г.), Ивана Михайловича Мартынова (в 1845 г.) и Евгения Петровича Балабина (в 1852 г.). В 1854 г. И.С. Гагарин представил генералу иезуитов пресвитеру Яну Петеру Бексу доклад «Notice sur l'action de Société de Jésus sur la conversion de l'Orient et notamment de la Russie» («Заметка о деятельности Общества Иисуса по обращению Востока и особенно России»), где предлагались методы проведения католической миссии среди славянских народов. В октябре 1855 г. Я.П. Бекс одобрил создание русскими иезуитами в Версале «Общества святых Кирилла и Мефодия», целью которого было изучение православия, русской духовности и культуры. В 1856 г. в Париже И.С. Гагарин основал Славянскую библиотеку (позже перемещённую в пригород Парижа Мёдон, ныне её фонды хранятся в Лионе), с 1857 г. совместно с пресвитером Ш. Даниелем он организовал журнал «Études de théologie, de philosophie et d'histoire», ставший одним из ведущих периодических изданий иезуитов. Публицистическая деятельность И.С. Гагарина и И.М. Мартынова во многом была посвящена проблеме соединения церквей. Изданное И.С. Гагариным сочинение «La Russie sera-t-elle catholique?» вызвало большой резонанс как в православной, так и в католической среде и стало основой для полемики со славянофилами Юрием Фёдоровичем Самариным, Андреем Николаевичем Муравьёвым, Иваном Васильевичем Киреевским и др. Рассматривая воссоединение церквей как постепенное обращение православных в унию с католической церковью, И.С. Гагарин и И.М. Мартынов изучали вопрос о возможности привлечения иезуитов к служению византийского обряда. В 1862 г. И.М. Мартынов обращался к униатскому Львовскому архиепископу Григорию Яхимовичу с просьбой принять русских иезуитов в состав Галицкой униатской митрополии, но из-за негативной оценки генерала Я.П. Бекса и некоторых униатских иерархов проект создания миссий иезуитов византийского обряда был отложен.