В 1783 г. через посланника императрицы Екатерины II пресвитера Яна Бениславского, подтвердившего, что открытие Полоцкого новициата и выборы генерального викария состоялись по воле императрицы, белорусские иезуиты получили от папы Римского Пия VI устное одобрение своей деятельности. После смерти Станислава Черневича (7 июля 1785 г.) 27 сентября 1785 г. новым генеральным викарием был избран пресвитер Габриель Ленкевич, который продолжил деятельность иезуитов в Белоруссии и Литве и способствовал восстановлению ордена иезуитов в герцогстве Пармском (1793 г.). В 1786 г. по требованию Екатерины II Габриель Ленкевич провёл реформу системы образования в школах и коллегиях иезуитов, увеличив число преподававшихся в них естественных наук и иностранных языков. 3 ноября 1798 г. император Павел I Петрович утвердил «Регламент церквей и монастырей римско-католического исповедания», согласно которому Могилёвский католический архиепископ Станислав Богуш-Сестренцевич объявлялся митрополитом всех римско-католических церквей Российской империи и получал полную власть над монашескими орденами, в том числе в вопросах назначения их настоятелей и провинциалов. Однако иезуиты отказались признать потерю автономии во внутренних делах, и 1 февраля 1799 г. преемником Габриеля Ленкевича (ум. 10 ноября 1798 г.) генеральная конгрегация иезуитов избрала пресвитером Франциска Кареу. Для урегулирования конфликта с архиепископом Станиславом Богушем-Сестренцевичем к Павлу I был направлен пресвитер Габриель Грубер, который, будучи хорошо образован, стал одной из наиболее влиятельных фигур при дворе и с июля 1800 г. имел право свободного доступа к императору. В октябре 1800 г. Павел I отправил в отставку и ссылку архиепископа Станислава Богуша-Сестренцевича из-за его конфликта с иезуитами, а 11 декабря подписал указ, который изъял иезуитов и другие монашеские ордены из юрисдикции католических епископов. Указом импаратора Павла I от 18 октября 1800 г. иезуитам передавалась католическая церковь св. Екатерины на Невском проспекте в Санкт-Петербурге, куда по поручению Габриеля Грубера, ставшего её настоятелем, было направлено четыре пресвитера-иезуита из Полоцкой коллегии. В начале 1801 г. Габриель Грубер пригласил из Полоцка трёх преподавателей-иезуитов, и на основе бесплатной начальной школы для детей прихожан церкви св. Екатерины создал Санкт-Петербургскую коллегию св. Павла (Collegium Petropolitanum Paulinum) с шестилетней программой обучения, принятой в других иезуитских коллегиях (основное внимание уделялось латыни и классическим предметам, преподавались естественные науки, русский, французский и немецкий языки, в старших классах – начала философии и теологии).