В 1804 г. иезуиты в России оказали помощь в восстановлении иезуитских провинций в Королевстве обеих Сицилий, в том же году была создана миссия в Нидерландах. В 1804 г. по предложению бывшего иезуита Балтиморского епископа Джона Кэрролла Габрель Грубер дал согласие на открытие новициата и организацию провинции в США. В 1805 г. Габриель Грубер направил в Китай трёх иезуитов, однако открытие их миссии было запрещено Конгрегацией пропаганды веры. После гибели Габреля Грубера (26 марта 1805 г.) во время пожара в доме иезуитов в Санкт-Петербурге 2 сентября 1805 г. новым генералом был избран Тадеуш Бжозовский. При нём в 1807 г. из Астрахани в Моздок были направлены три пресвитера-иезуита, их миссия, включавшая начальную школу и больницу, просуществовала в городе до 1827 г. Для окормления католиков в Сибири (в основном, ссыльных поляков) по просьбе князя Адама Ежи Чарторыйского в 1812 г. были организованы миссии иезуитов в Иркутске и Томске. По просьбе Тадеуша Бжозовского и при поддержке посла Сардинского королевства графа Жозефа де Местра, а также ряда лиц в русском правительстве (Виктора Павловича Кочубея, Ивана Владимировича Лопухина) 12 января 1812 г. император Александр I подписал указ о преобразовании Полоцкой иезуитской коллегии в академию, приравненную по статусу к университету. В ведение Полоцкой академии передавались иезуитские коллегии и школы в Российской империи. В 1815 г. в коллегиях и школах иезуитов обучалось около 2 тыс. человек. С окончанием Отечественной войны 1812 г. отношение к иезуитам изменилось. После буллы Пия VII «Sollicitudo omnium Ecclesiarum» (1814 г.) о повсеместном восстановлении ордена его членов стали рассматривать как агентов иностранного влияния, неподконтрольных российскому правительству. В 1814–1815 гг. между Тадеушем Бжозовским и обер-прокурором Святейшего Синода князем Александром Николаевичем Голицыным отношения осложнились из-за отказа от участия в работе Российского библейского общества, президентом которого был А.Н. Голицын. В то же время деятельность иезуитов в Санкт-Петербурге и Москве повлияла на переход в католичество многих представителей знатных дворянских семей (в том числе княгинь Александры Петровны и Елизаветы Алексеевны Голицыных, графинь Евдокии Петровны Ростопчиной и Варвары Николаевны Головиной, Софьи Петровны Свечиной и др.). В 1815 г. иезуит пресвитер Ш. Баландре во время проповеди в церкви св. Екатерины говорил о превосходстве католической церкви над православной, что вызвало резкую реакцию А.Н. Голицына; летом того же года стало известно о переходе в католичество воспитанника Дворянской коллегии А.А. Голицына, племянника А.Н. Голицына и родственника фельдмаршала Михаила Илларионовича Кутузова. По представлению обер-прокурора А.Н. Голицына 20 декабря 1815 г. император Александр I издал указ о высылке иезуитов из Санкт-Петербурга и о запрете их пребывания в обеих столицах.