По просьбе многих представителей российской аристократии 1 января 1803 г. был открыт пансион (конвикт) для детей из знатных семей, преобразованный в 1806 г. в Дворянскую коллегию (Collegium nobilium), ректором являлся пресвитер Анджей Чиж. В конвикте, а затем и в Дворянской коллегии постоянно обучалось 60–70 учеников из наиболее влиятельных семей (в том числе Голицыных, Толстых, Вяземских, Севериных, Строгановых, Новосильцевых и др.; в 1811 г. в коллегию планировалось поступление Александра Сергеевича Пушкина). Большинство воспитанников были православными; несмотря на запрет прозелитизма и обязательство направлять детей на богослужения в православные храмы, иезуиты преподавали им католический катехизис кардинала Роберто Беллармино, зачастую привлекали воспитанников к чтению католических молитв и прислуживанию на мессе. После жалоб родителей в 1806 г. религиозное обучение в Дворянской коллегии было передано православному духовенству. По ходатайству Габриеля Грубера в августе 1800 г. император Павел I направил письмо папе Римскому Пию VII, в котором просил официально утвердить иезуитов в России. Вопреки протестам испанского короля Карла IV 7 марта 1801 г. папа бреве «Catholicae fidei» разрешил существование и деятельность иезуитов в Российской империи (в том числе соблюдение устава Игнатия Лойолы, принятие новых членов, управление коллегиями и семинариями, проповедь и совершение таинств в общинах и приходах с согласия местных католических епископов). В бреве также сообщалось о подчинении российских иезуитов Папскому престолу. Генералом ордена папа назначил генерального викария Кареу, после смерти которого (30 июля 1802 г.) 10 октября 1802 г. генеральная конгрегация избрала его преемником Габриеля Грубера, который перенёс курию иезуитов из Полоцка в Санкт-Петербург. При императоре Александре I Павловиче увеличилось количество членов ордена, развивались его структуры как в Российской империи, так и за её пределами. В 1802 г. в России находилось 247 иезуитов (113 пресвитеров, 78 схоластиков, 56 братьев), в 1805 г. – 333 (145 пресвитеров, 100 схоластиков, 88 братьев). Открыты новициаты в Динабурге (1802 г.) и Пуше (современная Латвия; 1811 г.), коллегии в Могилёве и Мстиславле (1799 г.), в Романове (1811 г.), резиденции в Краславке (ныне Краслава, Латвия; 1811 г.) и Ужвальде (1813 г.). По приказу императора для окормления католиков-колонистов и переселенцев были учреждены миссии в Поволжье (Саратов, 1803 г.) и в Новороссии (Одесса, 1804 г.), в 1804 г. возобновлена миссия иезуитов в Риге, где в 1810 г. были созданы школы для мальчиков и девочек. С 1805 г. несколько иезуитов служили в католической церкви Вознесения Господня в Астрахани, где помимо окормления армяно-католиков и католиков латинского обряда они проповедовали среди калмыков. После согласований с Римом в 1803 г. Габриель Грубер разрешил частично возобновить деятельность Английской провинции ордена (в Стоунихёрсте).