Одновременно с публикацией послания Синод приступил к разработке конкретных мер по искоренению «ереси». 16–17 мая архиепископу Никону было предписано в сопровождении С.В. Троицкого отправиться на Афон для усмирения монашеского бунта. 19 мая определение Синода утвердил император Николай Александрович, наложивший на всеподданнейшем докладе обер-прокурора В.К. Саблера резолюцию: «Преосвященному Никону моим именем запретить эту распрю». 23 мая архиепископ Никон выехал из Санкт-Петербурга, а 27 мая в Киеве к нему присоединился С.В. Троицкий. 30 мая делегация отбыла из Одессы в Константинополь на пароходе «Афон». В Константинополе архиепископ Никон встретился с патриархом Германом, а также с представителем афонского кинота, который сообщил ему, что «число еретичествующих возросло до 3/4 всего братства в Пантелеимоновском монастыре и что там грозит опасность кассе монастырской». По словам архиепископа Никона, «уже после удаления имябожников с Афона найдены в Пантелеимоновом монастыре списки братий, из коих видно, что из 1700 с лишком человек крепких стоятелей за православное учение… ко дню нашего прибытия на Афон оставалось только сто человек». На Афон делегация во главе с архиепископом Никоном прибыла 5 июня на стационаре «Донец». Пристань Пантелеимонова монастыря была полна монахов, «увы, не с радостью, а с праздным любопытством вышедших посмотреть на архиерея, которого давно, по его сочинениям, знали, которого некогда уважали, а теперь… видели в нём “еретика”». Никон направился в соборный храм, где беседовал с иноками: начав с детских воспоминаний, он закончил тем, что «раскрыл сущность великого искушения, столь неожиданно для всего православного мира появившегося около святейшего имени Божия». Иноки слушали архиепископа безмолвно. Ночевать владыка отправился на «Донец». Там он провёл безвыходно целую неделю, ведя переговоры с время от времени посещавшими его депутациями от иноков. На берег выходили только С.В. Троицкий, консул Алексей Фёдорович Шебунин, Серафимов, В.С. Щербина и офицеры «Донца», которые пытались (однако без особого успеха) оказать воздействие на иноков монастыря, склоняя их к отречению от «имябожнической ереси». 11 июня, «полагая, что возбуждение еретичествующих несколько успокоилось», архиепископ Никон решился вторично сойти на берег для того, чтобы провести беседу с имяславцами в Покровском соборе Свято-Пантелеимонова монастыря. На этот раз встреча с монахами происходила в гораздо более напряжённой атмосфере. Когда архиепископ, облачившись в мантию, вышел на амвон, его тотчас плотным кольцом окружили матросы; монахи встали позади охраны. Архиепископ начал уговаривать «монахов-простецов» не пускаться в догматические исследования и смириться, дабы не подвергнуться суду и отлучению. Однако проповедь быстро переросла в столкновение.