Однако примечанием к этой статье «В сем смысле Император в Акте о наследии престола 1797 г., апреля 5, именуется Главою Церкви» – в формулировку императора Павла I относительно главенства государя в церкви было внесено ограничение: формулировка лишилась силы прямого закона, став только толкованием одной из статей «Основных законов Российской империи». 17 апреля 1905 г. императором Николаем II был издан указ «Об укреплении начал веротерпимости», существенно изменивший правовой статус инославных и иноверных исповеданий и тем самым косвенно задевший положение православной церкви. Этим указом были значительно расширены права старообрядческих и сектантских общин, не носивших изуверского характера, отменены ограничения для старообрядцев и сектантов на поступление на государственную службу, расширены права католических и мусульманских общин. Изменения были внесены в легальный порядок перемены религии: сняты запреты и ограничения на переход из одного признанного государством христианского исповедания в другое; в указе ничего не говорилось о возможности присоединения иноверцев к одной из неправославных христианских общин, но на практике после издания указа такие переходы не встречали никаких препятствий со стороны государственных инстанций. При сохранении общего запрета на отпадение от православия и от христианства было сделано исключение, по которому могло быть легализовано возвращение новообращённого православного или инославного христианина в своё прошлое вероисповедание. В 1905 г. большим преобразованиям подвергся государственный строй Российской империи. Высшими законодательными органами помимо императора стали Государственный совет и Государственная дума. Несмотря на то, что в их состав входили не только православные лица, ими рассматривались законы, касающиеся православной церкви (например, о финансовых сметах Синода). При неограниченной власти православного монарха система государственной церковности ещё могла восприниматься как своего рода продолжение традиционной византийской симфонии, хотя в действительности таковой и не была, но новая юридическая ситуация резче обозначала негативные черты этой системы. Епископатом, духовенством и церковным народом была осознана необходимость созыва Поместного собора для самоопределения православной церкви в реформируемом государстве, конфессиональный характер которого размывался. Радикальные перемены в церковно-государственные отношения внесли революционные события февраля-марта 1917 г. После отречения от престола императора Николая II власть перешла к Временному правительству.