Воспользовавшись этим решением, протестантские князья и те вольные города, в которых возобладали сторонники Реформации, провели последовательное отделение христианских общин от Римско-католической церкви. Реформированные общины были поставлены под контроль покровительствовавших им князей. Однако решения Шпайерского рейхстага, с одной стороны, были отвергнуты в 1529 г. императором Карлом V Габсбургом (1500–1558 гг.), католиком, который стремился к восстановлению религиозного единства империи, с другой – протестантскими общинами, которые стали с опасением относиться к идее вручения полноты власти над местными церквами князьям. За сохранение епископской власти в реформированной церкви стоял гуманист и теолог Филипп Меланхтон (1497–1560 гг.). М. Лютер был вынужден скорректировать свою позицию по вопросу о церковном управлении, уточняя, что государь должен нести попечение о внешнем благополучии общин, не вмешиваясь в их внутреннюю жизнь. В ходе Реформации и Контрреформации Германия оказалась конфессионально разделённой на католическую и протестантскую части (в протестантской значительно преобладало лютеранство, но также присутствовал кальвинизм). В княжествах, принявших Реформацию, протестантские общины существовали в виде государственной церкви (нем. Landeskirchen), признавая верховную власть за государями, которым были подчинены коллегиальные органы управления общинами – консистории. Теоретическим обоснованием такой системы управления была идея о закономерном перенесении власти католических епископов на князей в соответствии с протестантской экклезиологией, не имевшей догматического обоснования, а сложившейся исторически. В Англии в ходе Реформации по указанию короля Генриха VIII Тюдора (1491–1547 гг.) парламент издал ряд законов, предусматривавших независимость государства в церковных делах от папы Римского. Папские полномочия по отношению к церкви Англии взял на себя вставший во главе её английский король. Исторически одновременно с концепцией перехода прав епископов к светским государям в Западной Европе в рамках теории государственного права развивалась концепция абсолютных прав монарха (абсолютизма), которые распространялись на все сферы жизни подданных, в том числе и на религиозную сферу. С особой основательностью эта концепция была разработана голландским теоретиком права XVII в. Гуго Гроцием (1583–1645 гг.), который выводил принцип верховенства государя в протестантской церкви из неограниченности его верховной власти. Его современник английский философ и юрист Томас Гоббс (1588–1679 гг.) развивал теорию территориализма, суть которой заключается в полном суверенитете государя на подвластной ему территории, в том числе и по отношению к находящимся на ней религиозным общинам. Т. Гоббс считал, что всевластие монарха ограничивается лишь его благоразумием. Реальное развитие церковно-государственных отношений в эпоху Реформации и в XVII в. соответствовало этой теории. Девизом такой системы стали слова «cujus est regio, illius est religio» (лат. – «чья власть, того и религия»), т.е. правитель сам определял, какую религию должны были исповедовать его подданные.