Обер-прокурор являлся главным начальником для светских чиновников, состоявших на службе в духовном ведомстве. Принципиальное отличие новой системы церковно-государственных отношений от устраненной симфонии заключалось в нарушении былого равновесия церкви и государства в сторону доминирования последнего. Кроме того, в эпоху симфонии служение Богу и церкви сознавалось и носителями государственной власти, и всем русским народом как высший смысл и высшая цель существования государства, как конечное основание для всякого государственного деяния. После реформ Петра I правительство ставило перед собой вполне секулярные цели, автономные от религиозной санкции; привилегированный статус государственной православной церкви, её «господствующее» в сравнении с другими религиозными общинами положение находили оправдание только в том, что православие, согласно «Основным законам Российской империи», являлось вероисповеданием монарха и большинства его подданных. Одним из важных актов Российского государства на пути укрепления основ государственной церковности и подчинения церкви государственной власти явилась секуляризация церковных земель, проведённая при императрице Екатерине II указом от 26 февраля 1764 г. Этим указом все населённые церковные имения передавались Коллегии экономии при Сенате, церковные учреждения (Синод, духовные консистории, монастыри) совершенно устранялись от управления ими. Правда, государство брало на себя обязательство содержать монастыри из части доходов, которые поступали от секуляризованной земли: после ряда сокращений Коллегия экономии должна была выдавать на содержание епархиальных кафедр, монастырей и немногих приходских причтов всего лишь 1/7 средств, поступавших от секуляризованных имений, остальное шло на государственные нужды. Изъятие церковных имений проводилось под предлогом лучшего устроения церковных дел и государственной пользы. На деле же эта реформа не только влекла за собой разорение монастырей, но и не принесла большой выгоды государственной казне, поскольку значительная часть секуляризованных имений была роздана фаворитам императрицы. Другим шагом на пути укрепления государственной церковности стал оглашённый в день коронации императора Павла I, 5 апреля 1797 г., «Акт о наследовании Всероссийского Императорского Престола», где, в частности, содержалось положение о невозможности восшествия на российский престол лица, не принадлежащего к православной церкви (повторявшее соответствующее место из завещания императрицы Екатерины I, 1727 г.), а российскому государю усваивался статус главы церкви: «Когда наследство дойдёт до такого поколения женского, которое царствует уже на другом престоле, тогда предоставлено наследующему лицу избрать веру и престол и отрещись вместе с наследником от другой веры и престола, если таковой престол связан с Законом (подразумевается вероисповедание неправославных), для того что Государи Российские суть Главою Церкви, а если отрицания от веры не будет, то наследовать тому лицу, которое ближе по порядку». Положение о вероисповедании государя отразилось в ст. 42 «Основных законов Российской империи»: «Император яко христианский Государь есть верховный защитник и хранитель догматов господствующей веры и блюститель правоверия и всякого в Церкви святой благочиния» (положение заимствовано из «Духовного регламента, 1721 г.).