Но Шуйский всё же был законным царём, и потому всемерная поддержка его становится главным содержанием всей церковно-политической деятельности патриарха. При этом Гермоген, по-видимому, не слишком высоко ценил личные качества Шуйского; отношения между ними оставались весьма натянутыми. С царём Василием (сообщал, например, автор «Хронографа») патриарх беседовал «строптивно, а не благолепотно», «понеже» внутри имел «наветовательный огнь ненависти, и на супостатные коварства, яко же лепо бе, никакоже отчелюбно совещевающеся со царем» (т.е. никогда с отеческой любовью не совещался с царём о вражеских намерениях, как тому следовало быть). Но личные трения не мешали патриарху оставаться до конца своих дней верным и последовательным сторонником царя Василия. Между тем гражданская война в России продолжалась. Уже вскоре после гибели первого Самозванца стали распространяться слухи о том, что «Дмитрий» жив, что вместо него в Москве убили какого-то немца, а истинный царь вновь чудесным способом избежал смерти. Верить в это хотелось слишком многим. Волнения против Шуйского время от времени захватывали даже Москву. В южных же областях Русского государства (на так называемых украинах) открытый мятеж против Москвы не прекращался вовсе. Во главе нового восстания встал Иван Исаевич Болотников (1565–1608 гг.), называвший себя воеводой «царя Дмитрия Ивановича». Пока ещё нового претендента на роль Самозванца не появилось, но призрак «царевича Дмитрия» и само его имя заставляли тысячи людей браться за оружие. Одним из первых мероприятий правительства Василия Шуйского с участием Гермогена стало торжественное перенесение из Углича в Москву мощей настоящего царевича Дмитрия. 3 июня 1606 г. их торжественно положили в Архангельском соборе московского Кремля, усыпальнице московских царей и великих князей (вскоре у обретённых нетленными мощей, говорят, стали совершаться чудеса и исцеления). По инициативе патриарха Гермогена были установлены дни церковного прославления благоверного царевича Дмитрия Угличского и составлено его «Житие». Культ новоявленного святого должен был убедить народ в самозванстве Лжедмитрия (или, лучше сказать, Лжедмитриев) и законности царя Василия Шуйского. Патриарх не раз приглашал москвичей в Успенский собор московского Кремля и увещевал их стоять за законного московского государя, посылал своих представителей и на Северскую Украину (бывшую главным очагом мятежа). Во время осады Москвы войсками Болотникова (октябрь 1606 г.) Гермоген объявил шестидневный общенародный пост, во время которого совершались богослужения, рассылал грамоты и послания, в которых доказывал необходимость самой жестокой борьбы с «ворами» и изменниками, т.е. противниками центральной власти. В конце ноября – начале декабря правительственные войска разгромили под Москвой армию Болотникова; часть дворян (в значительной степени под воздействием увещеваний Гермогена) перешли при этом на сторону Василия Шуйского. В Москве начались массовые казни повстанцев, продолжавшиеся в течение многих последующих месяцев. Неприязнь населения к Василию Шуйскому объяснялась отчасти тем, что в глазах многих он сам был, по крайней мере, дважды клятвопреступником. При Лжедмитрии он клялся на кресте в том, что царевич Дмитрий не погиб в Угличе, но остался жив, хотя в 1591 г. сам возглавлял комиссию по расследованию обстоятельств гибели царевича и доносил царю Фёдору Ивановичу (1584–1587 гг.) и правителю Борису Годунову, будто несчастный, по небрежению родни, зарезался ножиком. Теперь же, после воцарения, Шуйский не только вновь клятвенно заверял всех, что Дмитрий мёртв, но и организовал торжественное перенесение его мощей в Москву.