Как и все остальные иерархи Русской церкви, митрополит Казанский признаёт Лжедмитрия. Более того, он (опять-таки в числе прочих русских митрополитов и епископов) входит при новом государе в состав Сената (преобразованного из Боярской думы). Однако именно здесь, в Москве, явственно обозначаются политические пристрастия Гермогена, очень скоро принявшего сторону противников Самозванца. Особое неприятие казанского митрополита вызывает открытое пренебрежение православными обычаями со стороны самого Лжедмитрия и (в особенности) прибывших с ним в Москву поляков. Весной 1606 г. состоялось бракосочетание Лжедмитрия I с полячкой Мариной Мнишек. Втайне та оставалась католичкой, однако для видимости согласилась соблюсти традицию и исполнить православные обряды. Ещё прежде венчания в Москве был собран церковный Собор, на котором обсуждалась возможность брака и условия перехода Марины в православие. Гермоген выступил с требованием повторного крещения невесты, его поддержал коломенский епископ Иосиф. Однако прочие иерархи высказались против, считая достаточным лишь формальное миропомазание Марины. По свидетельству русского «Хронографа», позиция митрополита вызвала гнев Лжедмитрия: Самозванец «повелел митрополита сослать в Казань, и там святительский сан с него снять, и в монастырь заключить» (некоторые современные исследователи, правда, ставят это известие под сомнение). Впрочем, вскоре Самозванец был свергнут с престола и убит возмущённым народом, и Гермоген не пострадал. Лжедмитрий I был убит 17 мая 1606 г. Спустя четыре дня новым царём стал князь Василий Иванович Шуйский (1606–1610 гг.). В Москве вновь был созван Собор русских иерархов, который низложил ставленника Самозванца и поляков Игнатия и избрал на его место Казанского митрополита Гермогена. 3 июля 1606 г. в Успенском соборе московского Кремля состоялось посвящение Гермогена в сан патриарха Московского и всея Руси. Русская церковь переживала в те годы такой же глубокий кризис, как и всё русское общество. Потому патриарх направляет свои усилия, прежде всего, на укрепление церковной дисциплины, повышение нравственного и профессионального уровня духовенства, внимательно следит за тщательным исполнением церковно-богослужебных требований (особенно в области церковного пения), за исправлением церковно-богослужебных книг, поощряет книгопечатание. По его инициативе в Москве строится новое «превеликое» здание типографии (сгорело в 1611 г.) и устанавливается новая «штанба» – станок для печатания книг. Патриарх решительно борется со всякими проявлениями «латинства» (т.е. католического влияния); впоследствии это дало основание полякам говорить, будто Гермоген разжигал ненависть к ним со стороны москвичей. Видной роли в государственных делах в этот период патриарх Гермоген не играл, но позже его церковные начинания (при всей их неоспоримой важности) померкли по сравнению с его политическим подвигом. Неполные шесть лет его патриаршества наполнены исключительной по напряжению борьбой за политическую и религиозную независимость Российского государства. К этому времени ему давно перевалило за семьдесят, однако, несмотря на свой преклонный возраст, Гермоген находил в себе силы выдерживать нападки противников и отстаивать свою позицию непоколебимого защитника православия. Занявший престол в 1606 г. Василий Шуйский едва ли может быть причислен к великим государственным деятелям. Слабый и малоинициативный, не пользовавшийся поддержкой всего русского общества (его избирали не на Земском соборе, а на московской площади, выкриками толпы) и не пользовавшийся достаточным авторитетом, он не имел сил и возможностей, чтобы распространить свою власть на всю страну (исследователи говорят, что это был не тот царь, в котором нуждалась тогда Россия).