Патриарх немедленно ответил согласием: ежегодное поминовение казанских героев было установлено в первую субботу после Покрова Пресвятой Богородицы; имена героев и мучеников занесены в общий синодик для поминовения в Неделю православия, а особое поминовение казанских мучеников установлено митрополитом Гермогеном 24 января. В 1592 г. Гермоген участвует в перенесении мощей святителя Германа Казанского из Москвы в Свияжск, в церковь Успения свияжского Богородицкого монастыря. В 1595 г., при перестройке казанской церкви Спасо-Преображенского монастыря, им были обретены мощи святителей Гурия, первого архиепископа Казанского, и Варсонофия, основателя Спасо-Преображенского монастыря и епископа Тверского (перу Гермогена принадлежит «Жития» этих казанских чудотворцев). Уже в эти годы деятельность казанского митрополита выходит далеко за пределы Казанской епархии. В 1595 г. он принимает участие в открытии в Угличе мощей благоверного князя Романа Угличского, в 1589 г. участвует в избрании на царство Бориса Годунова (1587–1605 гг.). Впоследствии святителю придётся всё чаще выступать в качестве не только церковного, но и политического и государственного деятеля. В начале XVII в. Россию потрясли события, получившие впоследствии название Великой смуты. Глубочайший экономический и социальный кризис усугубился кризисом династическим: пресечение династии Рюриковичей, в течение нескольких столетий правившей Россией, вызвало появление Самозванца, объявившего себя сыном Ивана Грозного, законным наследником русского престола царевичем Дмитрием, который чудесным образом спасся от рук убийц, якобы подосланных Борисом Годуновым (истинный царевич Дмитрий погиб при не выясненных до конца обстоятельствах в Угличе в 1591 г.). Правительство Годунова провело расследование, в результате которого выяснилось, что под именем «царевича Дмитрия» скрывается галицкий дворянин Юрий Отрепьев, постригшийся в монахи с именем Григория, но сложивший с себя сан (отсюда его прозвище, с которым он вошёл в русскую историю – Расстрига). В начале 1602 г. Самозванец объявился в Польше, где его немедленно поддержали польские магнаты, надеявшиеся разбогатеть на войне с Москвой, а также католическая церковь. В 1604 г. начинаются военные действия. Лжедмитрия поддержали южные окраины Русского государства, население которых было недовольно политикой, проводимой Годуновым; в стране вспыхнула гражданская война. В эти годы иерархи Русской церкви (в том числе и митрополит Гермоген) всемерно поддерживают царя Бориса Годунова, предавая анафеме «расстригу Гришку Отрепьева». Однако 13 апреля 1605 г. царь Борис внезапно умер. Власть перешла к его сыну, 16-летнему Фёдору Годунову. В мае армия изменила новому царю и перешла на сторону Самозванца. 10 июня царь Фёдор Годунов и его мать (сестра царя Ивана Грозного) были задушены сторонниками Лжедмитрия, а спустя десять дней Самозванец вступил в Москву, где был восторженно встречен толпами народа. Вместе со всей страной «законного царя Дмитрия Ивановича» приняла и церковь. Исключение составил лишь патриарх Иов, до конца поддерживавший Годуновых, за что его, старого и недужного телом, но не сломленного духом, лишили сана и сослали в Старицкий монастырь. Новым патриархом был провозглашён грек Игнатий, первым из архиереев открыто вставший на сторону Самозванца. Находившийся вдалеке от Москвы Гермоген в то время не имел возможности до конца разобраться в происходивших событиях и оценить степень законности притязаний Самозванца, тем более что обстоятельства гибели истинного царевича Дмитрия были ему, вероятно, неизвестны.